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  • 通过晶格常数sc建立水分子

    1.lammps的代码如下:

    region 1 block -0 50 0 50 0 50 units box side in    #创建区域
    #创建一个长方体区域,名称为1,坐标的单位就与命令units说指定的距离单位相同

    create_box 2 1 &
    bond/types 1 &
    angle/types 1 &
    extra/bond/per/atom 2 &
    extra/angle/per/atom 1 &
    extra/special/per/atom 2
    #在区域1里边创建一个box,设定该box支持多少种原子类型、键类型、角类型和每个原子包含键和角的类型。

    molecule h2omol spc.mol            #额外准备一个spc.mol文件
    lattice sc 5     #晶格常数设定为5,如果是4,则生成的原子数会更加多。代表每隔5A生成一个水分子
    create_atoms  1  region 1 mol h2omol 1234 units box   

    #create_atoms    0  random   2000  1234  1 mol h2omol 1234 units box    #这个命令生成的水分子会发生重叠,计算易出错。

    2.如何计算生成水分子的个数呢?

    如上的代码,晶格常数sc为5,那么相当于一个水分子在盒子中所占的体积是5*5*5=125 A3

    所创建的region的体积(水盒子的体积)为50*50*50=125*1000,

    水盒子的体积 / 一个水分子在盒子中的体积 = 水分子的个数。

    如上代码可以生成1000个水分子,即3000个原子。

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