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  • R(二): http与R脚本通讯环境安装

          结合实际的工作环境，在开始R研究的时候，首先着手收集的就是能以Web方式发布R运行结果的基础框架，无耐的是，R一直以来常使用于个人电脑的客户端程序上，大家习惯性的下载R安装包，在自己的电脑上安装 --> 写算法 --> 运行 --> 以贴图或者文档的形式发表自己的作品。花了较长时间，终于找着了一套框架基本满足要求，即FastRWeb (Fast Interactive Web Framework for Data Mining Using R），参考 （http://www.rforge.net/FastRWeb/），FastRWeb 是一个基础架构环境, 可以让R脚本运行在任何WebServer上，展示数据和图形，用户通过URL地址与R脚本进行通信交互。

    目录：

    • 运行架构原理
    • R3.2.5 安装 （centos7）
    • RStudio安装配置 （centos7）
    • FastRWeb安装配置 （centos7）
    • 开发demo: hello world

    运行架构原理：

    1. Clinet向主机的Rserve服务发送http请求
    2. Rserve调用FastRWeb环境，执行R脚本
    3. 将执行结果返回
    4. 在实际工作中，不可避免会遇到一种情况，R脚本执行的结果保存在主机的物理磁盘上，为了让client 通过 http 能访问生成的文件，可以将文件存储在 httpd 服务对应的 html 目录下，R返回给Client 的可能是文件名，client 获取到R返回的文件名后，再次发起 http 请求，访问存储在 httpd 服务站点文件。
    5. 注意：此场景下，client 发起的两次请求实际上是调用主机的不同服务（即，Rserve服务和 httpd 服务, 所以要注意请求中不同服务的监听端口）

    Centos7 R3.2.5软件包安装:

    • centos 系统软件包下载地址 （https://cran.r-project.org/src/base/R-3/）, 截止当前，最新版本3.3.1,  我们选择安装的版本为：3.2.5
    • 安装R软件依赖程序包，命令清单如下： 
      yum install -y gcc
yum install -y gcc-c++
yum install -y gcc-gfortran
yum install -y readline-devel
yum install -y libXt-devel
yum install –y libcur*
yum install –y libxml*
yum install –y openssl*

    • 将下载到本机的R安装包软件上传文件至linux主机的某目录下, 执行解压命令：tar -zxvf R-3.2.5.tar.gz

    • 命令：cd R-3.2.5  (切换至解压后的目录)
    • 命令：mkdir -p /home/work/R 
    • 命令：./configure --prefix=/home/work/R --enable-R-shlib  （设置R的工作目录）
    • 完成配置后界面如下显示，则OK 
      R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /home/work/R

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++ 11 compiler:           g++  -std=c++11 -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:          

  Interfaces supported:      X11
  External libraries:        readline
  Additional capabilities:   NLS
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU
  Options not enabled:       memory profiling

  Recommended packages:      yes

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
[root@R R-3.2.5]#
    • 开始编译安装
    • 命令：make
    • 命令：make install
    • 命令：vim ~/.bash_profile   （配置环境变量，在打开的文件中加入下面一行代码，此处的R路径为上面安装时的–prefix=/home/work/R） 
      PATH=/home/work/R/bin:$PATH
    • 命令：source ~/.bash_profile   （使修改生效）
    • 完成操作后执行： R   （能正常进入R命令行，则ok,如下图 )

    RStudio 安装配置：

    • RStudio是一个非常实用的R语言的IDE，其服务器端软件，可以将其构建在Linux服务器上，然后通过远程网页登陆访问，使得R语言的使用获得了极大的方便，也看成是一个小小的云服务，官网（https://www.rstudio.com/home/），如下图：RStudio Server 提供免费和商业授权版本
    • 下载Centos 系统对应的软件安装包 （rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm），上传至主机
    • 命令： yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm  (软件安装）
    • 命令： echo 'rsession-which-r=/home/work/R/bin/R' >> /etc/rstudio/rserver.conf   （结合上下文看此参数配置）
    • RStudio 服务相关参考命令清单如下（仅作参考资料，在此步不用执行）： 
      systemctl status rstudio-server
systemctl start rstudio-server
systemctl stop rstudio-server
systemctl restart rstudio-server

    • 执行下面的命令清单，给RStudio添加操作用户和权限

      adduser rstudio
passwd rstudio
usermod -g rstudio-server rstudio

    •  命令：systemctl start rstudio-server  (启动rstudio-server 服务，默认监听端口 8787）

    • 如果一切OK，通过浏览器就可以正常访问，如下：

    FastRWeb安装：

    • FastRWeb 可以快速地构建一个R的Web环境，FastRWeb 底层依赖于CGI程序，也就是说，只要能支持CGI程序的WebServer，就可以运行FastRWeb
    • 命令: yum install -y cairo-devel    (安装FastRWeb依赖包Cairo)
    • 命令：R    （进入R命令行，FastRWeb 和 Rserve 安装包都是在R命令行下在线安装）
    • R命令： install.packages("FastRWeb")    (此过程中选择安装镜像，centos7环境，选择 22 http mirrors,  http cran mirrors 选择 21 (中国厦门））
    • 安装成功后如下图： 
      g++ Rconnection.o Rcgi.o -o Rcgi -lcrypt  
make[1]: Leaving directory `/tmp/RtmpdpC13f/R.INSTALL53b568210efe/FastRWeb/src/Rcgi'
rm -rf ../inst/Rcgi
cp -r Rcgi ../inst
mkdir ../inst/cgi-bin
touch null.so null.dll # to make R CMD SHLIB happy
installing to /home/work/R/lib64/R/library/FastRWeb/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (FastRWeb)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpkNJBem/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
>

    • R命令：install.packages("Rserve")

    • 安装成功后界面如下图： 
      ./mergefat Rserve "/home/work/R/lib64/R/bin/Rserve"
./mergefat Rserve.dbg "/home/work/R/lib64/R/bin/Rserve.dbg"
installing via 'install.libs.R' to /home/work/R/lib64/R/library/Rserve
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (Rserve)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpkNJBem/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
>

    •  R命令： q()      (退出R命令行，返回linux命令行）

    • 创建FastRWeb基于Rserve的运行环境（切换至FastRWeb安装目录，　先查一下安装的目录，然后切换至该目录）
    • 命令： find / -name FastRWeb   (查 FastRWeb 安装目录，如下图）
    • 命令：cd /home/work/R/lib64/R/library/FastRWeb     (切换至安装目录）
    • 命令：./install.sh   （安装基于Rserve的运行环境，生成 /var/FastRWeb 目录）
    • 命令：cd /var/FastRWeb/code  
    • 命令：ls -la    (查看文件内容）
      1. rserve.conf: Rserve的启动参数
      2. rserve.R:    Rserve的启动脚本
      3. start:         启动命令
      • 命令：vim  rserve.conf   （默认情况下，rserve是提供socket通信接口，我们要将它改成http的通信接口，代码如下） 
        http.port 8888
remote enable
source /var/FastRWeb/code/rserve.R
control enable

      • 修改文件：rserve.R, 在文件上的最上面增加2行代码，如下

        library(FastRWeb)
.http.request <- FastRWeb:::.http.request

      •  命令：  ./start   （开启服务，注意：必须切换至 /var/FastRWeb/code 目录下执行）

      • 可通过 ps -aux|grep Rserve   和  netstat -nltp|grep Rserve  查看服务状态，如图：
      • 要停止服务，可通过 kill 进程，如上图的进程号，执行命令： kill -9 53652
      • 也可用如下命令 
        [root@hdpjn06 bin]# pwd
/home/work/R/bin
[root@hdpjn06 bin]# ll
total 36
-rwxr-xr-x 1 root root  8790 Mar  2 08:35 R
-rwxr-xr-x 1 root root 22540 Mar  2 08:35 Rscript
[root@hdpjn06 bin]# ./R CMD Rserve --RS-conf /var/FastRWeb/code/rserve.conf --vanilla --no-save
    • 安装完成后，通过浏览器能正常访问则OK， 默认监听端口 8888 （http://192.168.0.103:8888/info),  如下图

    开发Demo: hello world

    • 在Rstudio IDE 编写如下代码保存，命名为Demo.R, 你可以使用本地Windows环境下的 rstudio ide ,也可使用浏览器上的IDE 环境 
      run <- function(...){
  
  oprint("hello world")
  done()
}

    •  如果是本地环境开发的，将保存的Demo.R 文件上传至 /var/FastRWeb/web.R 目录下

    • 在浏览器执行： http://192.168.0.103:8888/Demo, 结果如下图则OK
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  • 原文地址：https://www.cnblogs.com/tgzhu/p/5770090.html
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