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  • ML: 聚类算法R包

    模型聚类 


    • mclust::Mclust
    • RWeka::Cobweb

    mclust::Mclust


    EM算法也称为期望最大化算法,在是使用该算法聚类时,将数据集看作一个有隐形变量的概率模型,并实现模型最优化,即获取与数据本身性质最契合的聚类方式为目的,通过‘反复估计’模型参数找出最优解,同时给出相应的最有类别级数k

    所需程序安装包

    install.packages("mclust")

    函数示例代码 

    > library(mclust)
    >  EM<-Mclust(iris[,-5])
    >  summary(EM,parameters=T)
    ----------------------------------------------------
    Gaussian finite mixture model fitted by EM algorithm 
    ----------------------------------------------------
    
    Mclust VEV (ellipsoidal, equal shape) model with 2 components:
    
     log.likelihood   n df       BIC       ICL
           -215.726 150 26 -561.7285 -561.7289
    
    Clustering table:
      1   2 
     50 100 
    
    Mixing probabilities:
           1        2 
    0.333332 0.666668 
    
    Means:
                      [,1]     [,2]
    Sepal.Length 5.0060021 6.261996
    Sepal.Width  3.4280046 2.871999
    Petal.Length 1.4620006 4.905993
    Petal.Width  0.2459998 1.675997

     可以看到最优类别级数为2,各类分别含有50,100,

    mclust::plot.Mclust(EM,what = "classification")

    mclust::plot.Mclust(EM,what = "density") 

    RWeka::Cobweb


    COBWEB是一种流行的简增量概念聚类算法。它以一个分类树的形式创建层次聚类,每个节点对应一个概念,包含该概念的一个概率描述,概述被分在该节点下的对象。使得该函数,需要安装RWeka包,在安装的过程中,可能出现如下的异常

    ** R
    ** inst
    ** preparing package for lazy loading
    Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
      call: fun(libname, pkgname)
      error: JAVA_HOME cannot be determined from the Registry
    ERROR: lazy loading failed for package 'RWeka'
    * removing 'C:/Users/zhushy/Documents/R/win-library/3.2/RWeka'

     

    安装jre, 参考资料: http://blog.csdn.net/afei__/article/details/51464783

    RWeka包未安装成功,示例代码未验证,待确认

    library(RWeka)
    
    dcom=iris[,-5]
    c1<-Cobweb(dcom)
    c1
    c1$class_ids
    table(predict(c1),dcom$clas)

     

    参考资料:

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/tgzhu/p/7325232.html
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