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    ###simulated data
    #parameter setting: dc=0.5,p=0.005



    ###real data
    ##preprocess
    python /home/ty/桌面/真实数据/EGAR00001004836_2561_1/fengge.py     #split the whole genome into 22 samples

    #查看该染色体对应参考基因组
    samtools view -H test.bam

    ##calculate ODS    两两比较,overlapratio >= 前者的50%,算重叠。 采用一对一的方式(即在程序中加入 break),所以A和B比较 与 B和A比较的结果是不一样的
    python /home/ty/桌面/真实数据/EGAD00001000144_LC/sta_overlap_entry.py    #get the entry of every methods
        #then deliever the results to EXCEL,calculate the ODS in EXCEL though the formula.

    ##统计交集
    python /home/ty/桌面/真实数据/EGAD00001000144_LC/sta_interset.py        #get the 'interset' file,which includes interset of results of four methods

    ##explain the gene and cytoband
    Rscript /home/ty/桌面/真实数据/extract_cytoband_gene/cytobands-genes.R    #得到检测结果对应到cghMCR.gene和chromosomeband.txt文件中,有哪些基因时有用的,然后去知网一个一个搜这些基因的文献是否与样本对应的癌症有关。

    ##统计cytoband和gene的个数
    python /home/ty/桌面/真实数据/extract_cytoband_gene/count.py

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/tianyee/p/14653386.html
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