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  • zero-base coordinate 和one-base coordinate

    zero-base和one-base是生信会经常碰到的两套坐标系统。

    zero-base是半开放式的,是不包括该点的,zero-base的文件有:bed;bam 

    one-base是封闭式的,是包括该点的,one-base的文件有:vcf,gff,sam

    有人认为zero-base的好处就是在计算长度的时候不用+1,这样能提高编程的简洁性和计算速度,而one-base是便于人眼的观看。

    举例:

    1.bed文件,半开放式的。

    chr1  200  220

    包含的碱基是从200-219。200<=x<220

    2.bismark的结果(zero-base start,one-base end)

    chr2 11331 11332 100 1 0

    只包括11332这个碱基。

    参考资料:

    https://www.biostars.org/p/6373/

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/timeisbiggestboss/p/8867516.html
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