总分公司之间的税务管理问题
1、如果分公司与总公司由同一税务机关管理，税务机关对于分公司采用备案制，分公司无法取得自己单独的税务登记证。因而无法自己开具发票。如果分公司可以自己取得税务登记证，由于不动产发票的购领需要提供房屋预售证与规划许可证，经过与税务机关的沟通，常规情况下，提供总公司的预售证与规划许可证是无法领购分公司抬头的发票。
因而，我们可以得出结论，常规情况下，由于项目立项、规划、施工、预售都是总公司的抬头，是无法以分公司名义开具发票对外经营。只能以总公司名义购领发票对外销售。
2、分公司对外支付成本费用，取得分公司抬头的票据，企业所得税是明确的，不存在税务风险。
但是土地增值税对于这种问题没有明确的规定，土地增值税以立项或者规划分期作为清算单位，而立项人与规划人都是总公司，因而总公司是土地增值税清算人，这时发票是分公司存在着瑕疵。由于土地增值税涉税金额巨大，目前经过与多位税务实操官员的沟通，部分认同可以参照企业所得税的规定，而部分则提醒存在着不确定性的税务风险。
如果收入以总公司名义开票确认，成本取得分公司抬头发票，这种情况需要个案处理存在很大的不确定性。
因而综上所述，如果土地增值税风险可以提前沟通明确，则可以以分公司支付成本取得发票。
否则，则应以总公司的名义进行运作，以总公司的名义开具多个帐号、制作多个合同专用章或者多个公章，并以数字进行标识，以划清内部的权利与义务。仅项目开发业务不需要成立分公司进行运作。
项目开发外的业务可以通过分公司的名义运作。
问：我公司在外地设立分公司，注册公司时登记为有独立核算还是非独立核算两种形式，请问这两种形式在国税和地税办理税务方面有什么不同，分公司如何在当地报税？
答：第一个问题税务登记事项
《税务登记管理办法》规定：
第十条企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人），向生产、经营所在地税务机关申报办理税务登记：
（一）从事生产、经营的纳税人领取工商营业执照（含临时工商营业执照）的，应当自领取工商营业执照之日起30日内申报办理税务登记，税务机关核发税务登记证及副本（纳税人领取临时工商营业执照的，税务机关核发临时税务登记证及副本）；
第十四条规定，纳税人在申报办理税务登记时，应当如实填写税务登记表。税务登记表的主要内容包括：
（四）核算方式；
因此，不论分支机构是否独立核算，均应在取得营业执照之日起30日内办理国税、地税税务登记。
根据《工商总局等六部门关于贯彻落实〈国务院办公厅关于加快推进“三证合一”登记制度改革的意见〉的通知》（工商企注字〔2015〕121号）文件规定，自2015年10月1日起，“三证合一”登记制度改革将在全国范围全面实施。（注：三证是指营业执照，组织机构代码证，税务登记证）
《国家税务总局关于落实“三证合一”登记制度改革的通知》（税总函〔2015〕482号）规定，新设立企业、农民专业合作社（以下统称“企业”）领取由工商行政管理部门核发加载法人和其他组织统一社会信用代码（以下称统一代码）的营业执照后，无需再次进行税务登记，不再领取税务登记证。企业办理涉税事宜时，在完成补充信息采集后，凭加载统一代码的营业执照可代替税务登记证使用。
因此，如果分支机构是按“三证合一”制度进行登记的，不需办理税务登记。分支机构需向主管税务机关完成补充信息采集就可。由于三证合一后，税务具体流程程序尚未出台明确文件规定，需按当地税务机关要求进行处理。
分公司在税务管理上有什么区别
分支机构如何在当地报税
贵公司的分支机构均为跨省分支机构，都是租赁办公场地。
《企业所得税法》第五十条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
《国家税务总局关于印发的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：
第二条第一款，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。
第三条规定，汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
第五条规定，以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
因此，贵公司与分支机构企业所得税实行汇总纳税办法。需要注意的是，分支机构在设立当年不就地分摊企业所得税；不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
具体分摊方法为三因素分配法，相关办法程序详看57号公告文件。
《关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》规定：
第四十二条增值税纳税地点为：
（一）固定业户应当向其机构所在地或者居住地主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
第四十三条第二款纳税人以1个月或者1个季度为1个纳税期的，自期满之日起15日内申报纳税；以1日、3日、5日、10日或者15日为1个纳税期的，自期满之日起5日内预缴税款，于次月1日起15日内申报纳税并结清上月应纳税款。
《营业税暂行条例》规定：
第十四条营业税纳税地点：
（一）纳税人提供应税劳务应当向其机构所在地或者居住地的主管税务机关申报纳税.但是，纳税人提供的建筑业劳务以及国务院财政、税务主管部门规定的其他应税劳务，应当向应税劳务发生地的主管税务机关申报纳税。
第十五条第二款纳税人以1个月或者1个季度为一个纳税期的，自期满之日起15日内申报纳税；以5日、10日或者15日为一个纳税期的，自期满之日起5日内预缴税款，于次月1日起15日内申报纳税并结清上月应纳税款。
《增值税暂行条例》规定：
第二十二条增值税纳税地点：
（一）固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
第二十三条第二款纳税人以1个月或者1个季度为1个纳税期的，自期满之日起15日内申报纳税；以1日、3日、5日、10日或者15日为1个纳税期的，自期满之日起5日内预缴税款，于次月1日起15日内申报纳税并结清上月应纳税款。
因此，分支机构发生营改增应税服务，营业税服务（不涉及建筑、不动产），增值税业务（销售、加工修理修配）均应向分支机构所在地申报缴纳增值税/营业税。其中，对于营改增业务和增值税业务，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
在实务操作中，根据分支机构经营范围办理税种认定，同时税务机关确定分支机构的纳税期限（按月或按季）。分支机构不论是否取得应税收入均应在期满之日15日内办理纳税申报，没收入办理零申报。相应办理附加税费的申报。
分支机构取得的工商营业执照，属于权利、许可证件，应按5元/件进行贴花。
分支机构对外签订合同，如合同属于应税凭证，应进行贴花。分支机构的营业账簿应按如下规定进行贴花：
《国家税务局关于印花税若干具体问题的规定》（（1988）国税地字第25号）
十八、跨地区经营的分支机构，其营业账簿应如何贴花？
跨地区经营的分支机构使用的营业账簿，应由各分支机构在其所在地缴纳印花税。对上级单位核拨资金的分支机构，其记载资金的账簿按核拨的账面资金数额计税贴花，其他账簿按定额贴花；对上级单位不核拨资金的分支机构，只就其他账簿按定额贴花。为避免对同一资金重复计税贴花，上级单位记载资金的账簿，应按扣除拨给下属机构资金数额后的其余部分计税贴花。
《个人所得税法》第八条规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
《个人所得税全员全额扣缴申报管理暂行办法》（国税发〔2005〕205号）规定：
第二条扣缴义务人必须依法履行个人所得税全员全额扣缴申报义务。
第三条本办法所称个人所得税全员全额扣缴申报（以下简称扣缴申报），是指扣缴义务人向个人支付应税所得时，不论其是否属于本单位人员、支付的应税所得是否达到纳税标准，扣缴义务人应当在代扣税款的次月内，向主管税务机关报送其支付应税所得个人（以下简称个人）的基本信息、支付所得项目和数额、扣缴税款数额以及其他相关涉税信息。
本办法所称扣缴义务人，是指向个人支付应税所得的单位和个人。
因此，分支机构通常有工作人员，如财务、负责人等。分支机构向其工作人员支付工资时，属于扣缴义务人，应按规定代扣代缴个人所得税。分支机构需在当地地税机关办理全员全额扣缴申报。