木马病毒（木马程序）是目前比较流行的病毒文件，与一般的病毒不同，它不会自我繁殖，也并不“刻意”地去感染其他文件，它通过将自身伪装吸引用户下载执行，向施种木马者提供打开被种者电脑的门户，使施种者可以任意毁坏、窃取被种者的文件，甚至远程操控被种者的电脑。
手工清除木马病毒具体方法如下：
提示：以下修改注册表等相关操作具备风险，请慎重操作。
1.清除每次开机时自动弹出的网页
其实清除每次开机时自动弹出的网页方法并不难，只要你记住地址栏里出现的网址，然后打开注册表编辑器（方法是在点击“开始”菜单，之后点击“运行”，在运行框中输入regedit命令进入注册表编辑器），分别定位到：
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run和
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Runonce下，
看看在该子项下是否有一个以这个网址为值的值项，如果有的话，就将其删除，之后重新启动计算机。这样在下一次开机的时候就不再会有网页弹出来了。
不过网页恶意代码的编写者有时也是非常的狡猾，他会在注册表的不同键值中多处设有这个值项，这样上面提的方法也未必能完全解决问题。遇到这种情况，你可以在注册表编辑器的选项菜单里选择“编辑”→“查找”，在“查找”对话框内输入开机时自动打开的网址，然后点击“查找下一个”，将查找到的值项删除。
2.IE标题栏被修改
具体说来受到更改的注册表项目为：
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Internet Explorer/Main/Window Title
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Internet Explorer/Main/Window Title
解决办法：
①在Windows启动后，点击“开始”→“运行”菜单项，在“打开”栏中键入regedit，然后按“确定”键；
②展开注册表到
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Internet Explorer/Main下，在右半部分窗口中找到串值“Window Title” ，将该串值删除即可，或将Window Title的键值改为“IE浏览器”等个人喜欢的名字；
③同理，展开注册表到
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Internet Explorer/Main
然后按②中所述方法处理。
④退出注册表编辑器，重新启动计算机，运行IE，问题已经解决。
3. IE分级审查密码的清除
①打开“开始”菜单，单击“运行”，在运行框中输入regedit命令。
②在注册表编辑器中有五个主要的键值，请您按照下面顺序一步一步打开下面的文件（在所指的文件夹上双击或单击在文件夹前面的十字符号）。
③具体顺序是：
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion
/Policies/Ratings
在您打到Ratings文件夹后会看到在右面的窗口中有key键值，直接在这个键上点右键，之后选删除，然后关闭注册表编辑器即可。
4. 篡改IE的默认页
具体说就是以下注册表项被修改：
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Internet Explorer/Main/Default_Page_URL
“Default_Page_URL”这个子键的键值即起始页的默认页。
解决办法：
运行注册表编辑器，然后展开上述子键，将“Default_Page_URL”子键的键值中的那些篡改网站的网址改掉就行了，或者将其设置为IE的默认值。
5. 修复被锁定的注册表
可以自己动手制作一个解除注册表锁定的工具，就是用记事本编辑一个任意名字的.reg文件，比如recover.reg，内容如下：
窗体顶端
REGEDIT4
[HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Policies/System]
"DisableRegistryTools"=dword:00000000
窗体底端
要特别注意的是：如果你用这个方法制作解除注册表锁定的工具，一定要严格按照上面的书写格式进行，不能遗漏更不能修改（其实你只需将上述内容“复制”、“粘贴”到你机器记事本中即可）；完成上述工作后，点击记事本的文件菜单中的“另存为”项，文件名可以随意，但文件扩展名必须为“.reg”,然后点击“保存”。这样一个注册表解锁工具就制作完成了，之后你只须双击生成的工具图标，其会提示你是否将这个信息添加进注册表，你要点击“是”，随后系统提示信息已成功输入注册表，再点击“确定”即可将注册表解锁了。
6. 修改IE浏览器缺省主页，并且锁定设置项，禁止用户更改。这主要是修改了注册表中IE设置的下面这些键值(DWORD值为1时为不可选)：
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Control Panel
"Settings"=dword:1
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Control Panel
"Links"=dword:1
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Control Panel
"SecAddSites"=dword:1
解决办法：上面这些DWORD值改为“0”即可恢复功能。
7. IE的默认首页灰色按扭不可选
这是由于注册表HKEY_USERS/.DEFAULT/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Control Panel
下的DWORD值“homepage”的键值被修改的缘故。原来的键值为“0”，被修改后为“1”（即为灰色不可选状态）。
解决办法：将“homepage”的键值改为“0”即可。
8. IE右键菜单被修改
受到修改的注册表项目为：
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Internet Explorer/MenuExt
下被新建了网页的广告信息，并由此在IE右键菜单中出现！
解决办法：
打开注册标编辑器，找到
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Internet Explorer/MenuExt
删除相关的广告条文即可，注意不要把下载软件FlashGet和Netants也删除掉，这两个可是“正常”的，除非你不想在IE的右键菜单中见到它们。
9. IE默认搜索引擎被修改
出现这种现象的原因是以下注册表被修改：
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Internet Explorer/Search/CustomizeSearch
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Internet Explorer/Search/SearchAssistant
解决办法：
运行注册表编辑器，依次展开上述子键，将“CustomizeSearch”和“SearchAssistant”的键值改为某个搜索引擎的网址即可。
10. 查看“源文件”菜单被禁用
恶意网页修改了注册表，具体的位置为：
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer
下建立子键“Restrictions”，然后在“Restrictions”下面建立两个DWORD值：
“NoViewSource”和“NoBrowserContextMenu”，并为这两个DWORD值赋值为“1”。
在注册表
HKEY_USERS/.DEFAULT/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Restrictions下，将两个DWORD值：“NoViewSource”和“NoBrowserContextMenu”的键值都改为了“1”。 通过上面这些键值的修改就达到了在IE中使鼠标右键失效，使“查看”菜单中的“源文件”被禁用的目的。
解决办法：
将以下内容另存为后缀名为.reg的注册表文件，比如说unlock.reg，双击unlock.reg导入注册表，不用重启电脑，重新运行IE就会发现IE的功能恢复正常了。
REGEDIT4
HKEY_CURRENT_USER/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Restrictions
“NoViewSource”=dword:00000000
"NoBrowserContextMenu"=dword:00000000
HKEY_USERS/.DEFAULT/Software/Policies/Microsoft/Internet Explorer/Restrictions
“NoViewSource”=dword:00000000
“NoBrowserContextMenu”=dword:00000000