前言

前言

前言提供了一些我认为读者在阅读或者使用本书的时候会比较重要的信息。第一部分介绍了书本身。第二部分是关于Python。第三部分包含了各种各样的注释。

简介

我会以介绍生物信息学的一些评论开始，我认为大家会觉得这些有用。

关于本书

本书的目的是给读者展示怎样利用Python程序设计语言来改进和自动生物信息研究和开发过程中遇到的数据操作任务。我假设本书的读者都有科学和技术的背景，同时对这些有浓厚的技术。学习编程，很注重实践的练习，而且是利用好的代码进行有意义的实例练习。对于个别读者的需求，本书也可以作为高年级本科生或者研究生一学期的课程或。

本书和传统介绍编程的书有一些不同：书内没有对它描述的内容每一方面进行详细的讲解，而是重点介绍了最常用的部分。可以说是提供了一个更加快速而简单的教程而不是深入研究python语言。同时本书包含了一些其他各种Python书中可能遗漏的一些高级特性、技术一级专题，这些专题或者技术会被广泛的应用在生物信息学的程序设计中，当然在本书中会经常用到。

Python安装包包含很多可选的安装“模块”，大部分Python书一本值会涉及一小部分。本书也是只选择了一些和生物信息学及相关深度的模块进行了介绍，这些模块会都是很有可能在生物信息学的编程中最常用到的，并且这些模块在其他书中很少会涉及，比如在第六章提针对大数量的聚集而提到的“utility”模块。

其他各章详细介绍了编程的具体细节：模式匹配、文本处理（HTML和XML），web编程（打开网页、程序实现HTTP请求以及和服务器的交互等等）、数据库相关（SQL）、结构化图形（Tk和SVG）。每一个技术都包含实际应用中会用到的一到两个模块。

同其他的书不同，本书最好按照顺序来阅读。每一个排在后面的章节，都会用到前面章节提到的技术。很多地方也会以文本的形式提示用到了其他章节的示例，所以当读者读者遇到这些提示时，应该知道去之前的章节参考。

每一个章节结束都会有一个“小贴士、查缺补漏以及错误追踪”章节。小贴士总结了本章提到的概念、原理以及技术。在书的前几章里，小贴士也提供了一些学习Python的建议和技巧。查缺补漏部分涉及了Python程序员在学习过程中可能遇到的一些警告或者让人迷惑或者经常犯错的地方。错误追踪是当你比着书上的材料编程时可能会遇到的错误信息。

关于生物信息学

任何包含“bioinformatics”的单词都会引起争议。它包含三种不同范畴的概念。不同工作性质、教育背景或者有技术天赋的人都有不同见解。总结起来有三种范畴：

计算生物学：涉及生物数据挖掘和生物数据建模有关的算法研究。

软件开发：关注点是对计算生物学的算法进行软件实现，对复杂的数据进行可视化，并且着重关注对大数据量进行组织、搜索、操作，从而对能对研发行为进行支持。

生命科学的研究和开发：重点关注其他两个领域探索出来的工具以及产生的数据结果。

本书重点在世纪遇到的数据管理和处理任务。处理的数据不仅仅包括数据库，而且包括文本文件、网页一级其他信息源。例如，当关注基因组，我们会既介绍生物信息学的基本概念，也讲解如何用软件处理数据。这对生物信息工作者来说也是非常熟悉的。

关于读者

本书假设读者没有任何的编程经验，学习和使用Python也是完全独立的。即使你以前有编程经验，本书的内容也不会和你之前熟悉的没有必然关联，而且你会发现有很多挑战的地方。

本书也假设内容不依赖于特定的生物信息学的知识和经验。书中会用到真实的生物信息的数据，这些数据可能是你相关的领域，但是我不会讲解这些让人难以理解的专业概念。我们只涉及编程和处理数据有关的知识。

本书的目标读者：

生命科学家。

生命科学专业的学生，包括本科生和研究生。

生命科学研究相关的技术人员。

生命科学领域对使用Python编程感兴趣的软件工程师。

对于每一类读者，我有一些介绍信息：

生命科学家：想必你读者本书的目的是因为你发现你正在研究或者将要研究的内容中，需要一些编程的工作，但是你对缺少程序设计的背景知识。本书的内容以及例子简单的介绍了Python在生物信息学中的应用，你会发现书的可读性很强而且不需要你其他额外的编程学习计划。

学生：本书可以成为生物信息学程序设计一学期的课程教材。对于生命科学专业的学生，这本书会对你参与的项目提供一些参考。对于对生物信息学感兴趣的计算机科学或者软件工程的学生，这本书会为你涉入生物信息学领域提供帮助。这本书没有包含难懂的背景知识，这对无论是生命科学或者计算机科学的学生来说都是容易接受的。

科技工作者：这类读者可能已经生命科学研究方面有很多处理生物信息学数据的经验，比如编写一些小的脚本、并且在系统里运行这些脚本任务等。但是限于计算机知识的有限，阻碍了你进一步深入研究生物信息学数据的步伐。总之，这本书对你是适合并且有用的。

程序员：首先生物信息学软件和其他的大部分软件来说是不同的。其次Python也不同于其他的编程语言。本书也是如此，而且本书不同于传统的“。。。程序设计”、“学习。。。”或者“。。。介绍”等等之类的编程书籍。在书中，我会快速引导来学习这些生物信息学以及Python知识。当然，这不是一个生物信息学的入门书，它的内容更多是一些生物信息学的例子、说明以及相关的软件。