可能的原因有以下两个
编译器处理
在编译源代码时，当一个类没有显式标明继承的父类时，编译器会为其指定一个默认的父类（一般为Object），而交给虚拟机处理这个类时，由于这个类已经有一个默认的父类了，因此，VM仍然会按照常规的方法像处理其他类一样来处理这个类。对于这种情况，从编译后的二进制角度来看，所有的类都会有一个父类（后面可以以此依据来验证）。
JVM处理
编译器仍然按照实际代码进行编译，并不会做额外的处理，即如果一个类没有显式地继承于其他类时，编译后的代码仍然没有父类。然后由虚拟机运行二进制代码时，当遇到没有父类的类时，就会自动将这个类看成是Object类的子类（一般这类语言的默认父类都是Object）。
如何验证？
从上面两种情况可以看出，第1种情况是在编译器上做的文章，也就是说，当没有父类时，由编译器在编译时自动为其指定一个父类。第2种情况是在虚拟机上做文章，也就是这个默认的父类是由虚拟机来添加的。
那么Java是属于哪一种情况呢？其实这个答案很好得出。只需要随便找一个反编译工具，将.class文件进行反编译即可得知编译器是如何编译的。
就以上面代码为例，如果是第1种情况，就算MyClass没有父类，但由于编译器已经为MyClass自动添加了一个Object父类，所以，在反编译后得到的源代码中的MyClass类将会继承Object类的。如果不是这种情况，那么就是第2种情况。
结论
那么就是说JDK 6之前是编译器处理，JDK 7之后是虚拟机处理。
但是仔细想想我们在编辑器里（IDE）打点时就能列出Object类下的方法，此时还没轮到编译器和jvm，编辑器就已经知道MyClass类的父类是Object类了，这是因为编辑器为我们做了一些智能处理。