该文件每一行都是一个键值对，基本格式为：
键: 值!注释
总体结构：
文件头 !包含若干行总体说明
词条1 ![词条类型]占第一行，后跟若干行说明
词条2 !不同的词条可用于描述同一对象的不同方面
.
.
.
!中间可以有若干空白行
!OBO文件中可以在任意地方插入注释，其注释以'!'开头
文件头：
format-version: 1.2 !本文件所使用的OBO版本。本条目是必需的，以下文件头说明是可选的。
data-version: 2012-12-09 !当前ontology的版本
date: 07:12:2012 17:25 !当前日期
saved-by: tanyaberardini !最后保存该文件的用户
auto-generated-by: OBO-Edit 2.2 !生成该文件的程序
subsetdef: goslim_aspergillus "Aspergillus GO slim" !对术语子集的描述
.
.
.
synonymtypedef: systematic_synonym "Systematic synonym" EXACT !用户自定义的同义词类型
default-namespace: gene_ontology !缺省的名称使用范围
remark: !重要注释
default-relationship-id-prefix: !缺省关系作用范围
id-mapping: !将一个术语或关系对应到另一个术语或关系上
idspace: !全局id和局部id的对应
ontology: go
词条：词条类型包括[Term]、[Typedef]、[Instance]
[Term]：
[Term]
id: GO:0000001 !一个id即一个对象。一般情况下，id是全局性的，即唯一对应的，在任何地方都是一样的
name: mitochondrion inheritance !术语名，只能有一个
namespace: biological_process !名称使用范围
def: !该术语的定义
synonym: "mitochondrial inheritance" EXACT [] !同义词
is_a: GO:0048308 ! organelle inheritance !该术语是上级类别的一个亚类
is_a: GO:0048311 ! mitochondrion distribution
alt_id: !备选id，一个术语可以有多个备选id
is_anonymous: !说明为true的话，则该词条为局部id，其id不是固定的，仅在当前文件有效
comment: !重要注释
subset: !该术语从属的子集，该子集必须是文件头定义的
subset: !一个术语可以从属于多个子集
xref: !其他词汇表中的类似词汇
xref: !一个术语可有多个类似词汇
intersection_of: !该术语是其他几个术语的交集
intersection_of: !至少要有两个
union_of: !该术语是其他几个术语的并集
union_of: !至少要有两个
disjoint_from: !该术语和另一个术语互斥
relationship: !该术语和另一个术语的关系，必须使用[Typedef]中定义的关系id
is_obsolete: !该术语是否被淘汰
replaced_by: !替代淘汰词的术语
consider: !淘汰词备选的、还未被审核的替换术语
created_by: !术语创造者
creation_date: !术语创造时间
[Typedef]：
[Typedef]
id: !通常是有一定含义的字符串，而不是数字
is_anonymous
name
namespace
alt_id
def
comment
subset
synonym
xref
domain: !该关系仅对domain指定术语的亚类起作用
range: !任何具有这个关系的术语都属于range指定术语的亚类
is_anti_symmetric
is_cyclic: !可否构建循环作用
is_reflexive: !是否自反
is_symmetric: !是否对称
is_transitive: !传递关系？
is_a
inverse_of: !和另一关系相反。适用于原关系的两个术语，可以反方向适用另一关系。
transitive_over: !将关系传递给下一个
relationship
is_obsolete
replaced_by
consider
[Instance]：
[Instance]
id
is_anonymous
name
namespace
alt_id
comment
synonym
xref
instance_of
property_value
is_obsolete
replaced_by
consider
缺省的词条定义
[Typedef]
id: is_a
name: is_a
range: OBO:TERM_OR_TYPE
domain: OBO:TERM_OR_TYPE
def: The basic subclassing relationship [OBO:defs]
[Typedef]
id: disjoint_from
name: disjoint_from
range: OBO:TERM
domain: OBO:TERM
def: Indicates that two classes are disjoint [OBO:defs]
[Typedef]
id: instance_of
name: instance_of
range: OBO:TERM
domain: OBO:INSTANCE
def: Indicates the type of an instance [OBO:defs]
[Typedef]
id: inverse_of
name: inverse_of
range: OBO:TYPE
domain: OBO:TYPE
def: Indicates that one relationship type is the inverse of another [OBO:defs]
[Typedef]
id: union_of
name: union_of
range: OBO:TERM
domain: OBO:TERM
def: Indicates that a term is the union of several others [OBO:defs]
[Typedef]
id: intersection_of
name: intersection_of
range: OBO:TERM
domain: OBO:TERM
def: Indicates that a term is the intersection of several others [OBO:defs]
参考网址：
http://www.geneontology.org/GO.format.obo-1_2.shtml