网上银行安全机制经过多年的自我完善，目前其自身以及验证机制相对安全，江民反病毒专家认为，目前网上银行存在的安全问题主要在于客户端以及相关的第三方支付环节，主要包括以下四个方面：
一、被黑客远程控制的电脑存在被黑客异地转帐的可能性。
如果一台电脑被黑客成功控制为"肉鸡"，那么当用户利用这台电脑进行网上银行操作时，黑客可能会监控到相关的网上银行操作动作，并利用木马程序获得账号密码，然后利用用户正在使用的U盾等移动硬件数字证书，成功将正在使用的网上银行进行转帐。这种情况可能实现的前提是，一是该台电脑被远程控制，二是该用户正在使用U盾进行网上银行转帐，三是用户没有使用手机验证等服务。
二、无法防范IE浏览器被劫持的风险。
银行U盾的功能是对交易信息进行加密认证，认证后的交易信息可以满足准确、完整、不可伪造、不可否认的特性。在实际的网银操作流程里，用户在IE浏览器中形成交易信息，再由IE浏览器把交易信息传递给U盾进行认证。U盾完全信任IE浏览器，即使IE提交了一笔经过篡改的交易，U盾也不能发现，照样进行认证。因此，如果一个木马病毒通过某些技术手段，能够完全控制IE浏览器，就可以对网银用户的交易信息进行篡改，一旦用户确认交易，被篡改的交易就和正常交易一样，经过认证、发送，并最终执行。
三、虚假的网上交易订单往往可以以假乱真。
病毒在监控到用户电脑在进行网上购物时，会把用户的当前页面跳转到黑客特别设置的虚假付款页面。由于网上购物的收款方一般都是同一家第三方支付平台(如拍拍网的收款方都是深圳腾讯技术公司，淘宝网的收款方都是浙江支付宝网络有限公司等)，真假网页同的只是订单号和交易金额的差异，这种情况下常常有粗心的用户点击确认付款，结果把原本正常购物的钱付给了黑客在虚设的帐号上。
四、与第三方支付平台的对接存在可被利用的漏洞。
许多网上银行与第三方交易平台进行了对接，这就给黑客盗取网上银行用户资金提供了可趁之机。第三方交易平台曾经出现可被利用的漏洞，并发生过多起用户资金被盗的案件。因为网上银行与第三方交易平台息息相关，因此第三方交易平台的安全性对网上银行的发展作用也不容忽视。