先说下两者出现的目的：
三层是一种为了Project间解除耦合所提出来的简单的分层方式
但MVC其实并不是基于Project的分层方式，而是一种解除展示模板与主要访问控制依赖的设计模式（其实全部都是基于UI的）
【这段楼主可不看：不过有同学说 V是三层的UI，C是三层的BLL，M是三层的DAC，这么说其实不是很对 UI可以认为是 UI=C+V+VIewModel而数据库访问的Model要根据是否是充血模型来判断是否归属于DAC】
再说下两者是基于什么来工作的：
简单说三层至于基于项目，MVC可以基于面向对象关系（即MVC可以在一个项目中，而三层至少要三个项目），而MVC和三层也可以共同使用，本身并不冲突
下面我再说下两者的知识储备（这里说的是理解，而不是使用，使用的话当然可以不求甚解，但我觉得不求甚解的使用方式是对个人不会有提高的，项目做完了，啥也没学到，其实也没意思）：
三层：相对来说有简单的面向对象知识，面向接口编程知识即可写出简单的三层
MVC：首先要完全了解面向对象，以及设计模式（因为MVC本身是复合设计模式，所以至少要了解GOF95那些）的知识基础，也要了解面向切面编程以及 各种程序解耦的方式
总结一下：
MVC与三层，共同的地方只有一点，就是看起来都是三个组成部分。但其使用的目的是不一样的，就算使用(MVC -BLL-DAC)这种形式，也是可以的。
如果真正了解MVC的同学，因为有了一定的学习基础，即便不会三层，也可以通过简单学习快速使用三层，因为三层的学习代价并不大。
一切的设计模式都是为了解耦而生，至于为什么需要解耦，就需要了解耦合的所有坏处。
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