perl 脚本将phred33 转换为phred64

今天用fastx_tookit 时遇到问题， 我的fastq 文件的碱基质量值格式为phred33, 而fastq_tookit 默认碱基质量值的格式为phred64, 

所以报错了，提示我的fastq文件中包含非法的碱基质量值，逗号

逗号的在ascii 码表中对应的十进制数字为44， 按照phred 33 格式，其对应的碱基质量值为11，如果按照phred64处理的化， 其质量值为-20，此时就会报错，

所以需要将碱基质量给位phred64 格式的，我没找到现有工具， 只能自己写了，虽然很慢， 但是能解决问题。代码如下：

#!/usr/bin/perl 
use warnings;
use strict;

=pod
将phred33 转换为phred64
=cut

my ($fastq) = @ARGV;
my $raw_quality = 33;
my $new_quality = 64;
open FASTQ, $fastq or die "Can't open $fastq
";
while (my $id = <FASTQ>) {
    my $seq     = <FASTQ>;
    my $des     = <FASTQ>;
    my $quality = <FASTQ>;

    chomp($id);
    chomp($seq);
    chomp($des);
    chomp($quality);

    my @fmt_quality = map {chr(ord($_) - $raw_quality + $new_quality)} split //, $quality;
    $quality = join "", @fmt_quality;
    print qq{$id
$seq
$des
$qualityn};
}
close $fastq;

将格式转换后，再运行fastx_tookit 中的fastx_quality_stats 就不会报错了