基本信息：
如果在蛋白中有配体的分子的话，那么你需要建立力场文件，导入额外的ligand.frcmod和ligand.lib到tleap中。注意：原子的名字和原子的顺序要与PDB文件的相一致
假设在你的蛋白中有辅因子和基质。首先要对你的配体检测amber力场库和电荷库
tleap -s -f leaprc.ff99SB
> loadamberparams cofactor.frcmod
> loadamberparams substrate.frcmod
> loadoff cofactor.lib
> loadoff substrate.lib
> mol = loadpdb protein_lig.pdb
> solvatebox mol TIP3PBOX 12.0
> addions mol Na+ 0
> saveamberparm mol protein_lig.prmtop protein_lig.inpcrd
> quit