Amber 的安装

Amber11

1. 1.      安装intel compilers

从intel官方网站上下载非商业版本的intel C++ compiler (icc) and intel fortran compiler (ifort) 当前的版本为2011.6.233,同时会获得一个非商业的licenses (one year available)，会发到你申请时填写的email中)。 下载地址：

http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/ 

解压，进入解压后的目录，进行安装：

cd /home/soft/l_fcompxe_2011.6.233

./install.sh

#激活产品选项时选择"Use a license file" 

#安装选项中不需要的部分如Intel Debugger等可以去掉，但里面intel MKL应保留。

#用相同的方法安装icc (l_ccompxe_2011.6.233), 同样安装选项中只选择Intel C++ Compiler,

#为intel设置环境变量 gedit .bashrc

source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64

export MKL_HOME=/home/soft/intel/mkl

2. 安装 nVidia toolkit （并行工具）

# 到Nvidia网站上下载"CUDA Toolkit 4.0" (CUDA Toolkit for RedHat Enterprise Linux 6.0)

下载地址：http://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-40并安装

./cudatoolkit_4.0.17_linux_64_rhel6.0.run

#为CUDA设置环境变量 gedit .bashrc

export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib

export CUDA_HOME=/usr/local/cuda

3. 解压Amber与AmberTools

#首先为Amber11设置环境变量 gedit .bashrc

export AMBERHOME=/home/soft/amber11

export PATH=$PATH:/home/soft/amber11/bin

export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"

#解压Amber11.tar.bz2到目录：/home/soft/amber11, 再解压 AmberTools-1.5.tar.bz2到相同的目录：/home/soft/amber11 (全部替换),

#集成自 l_fcompxe_2011.6.233里的intel MKL，安装时Amber时会有个错误提示，所以在进行AmberTools安装前要改一下/home/soft/amber11/AmberTools/src/configure文件,查找 "em64t" ：mkll="$MKL_HOME/lib/em64t". 将em64t换成"intel64".

4. 为Amber11和AmberTools打补丁

#为AmberTools打补丁：到Amber网站上下载 "bugfix.all" for AmberTools1.5, 放在AMBERHOME目录下。下载地址：http://ambermd.org/bugfixesat.html

cd $AMBERHOME

patch -p0-N < bugfix.all

#为Amber11打补丁：到Amber网站上下载bugfix package of Amber11和apply_bugfix.x，下载地址：http://ambermd.org/bugfixes11.html

chmod 700 apply_bugfix.x

./apply_bugfix.x bugfix.1to17.tar.bz2

5. 安装串行的AmberTools 1.5

cd /home/soft/amber11/AmberTools/src 

./configure intel 

make serial

#这一步大约要10多分钟，比较耗时时间。测试一下

cd ../test 

make test 

#检查一下check.diff 文件看看有无错误出现，该文件位于：

(/home/soft/amber11/AmberTools/test/logs/test_at_serial)

6. 安装串行的Amber11

cd /home/soft/amber11 

./AT15_Amber11.py

cd src

make serial

#测试方法： 

cd /home/soft/amber11/test 

make test

#同样在/home/soft/amber11/test/logs/test_amber_serial目录下你可以找到check.diff文件

7. 安装CUDA加速的PMEMD

# 目前Amber11中，只有PMEMD支持CUDA加速

cd /home/soft/amber11/AmberTools/src

make clean

./configure-cuda intel

cd /home/soft/amber11/

./AT15_Amber11.py

cd src

make clean

make cuda

#测试方法：

cd /home/soft/amber11/test/ 

./test_amber_cuda.sh

同样在/home/soft/amber11/test/logs/test_amber_cuda目录里有log文件  

8. Install openmpi-1.4.3 within AmberTools

#下载openmpi-1.4.3.tar.bz2（http://www.open-mpi.org/）

# cp openmpi-1.4.3.tar.bz2 AmberTools/src tar -zxvf openmpi-1.4.3.tar.bz2 ./configure_openmpi intel #添加openmpi的环境变量 export MPI_HOME=AMBERHOME/AmberToolsexportPATH=
AMBERHOME/AmberTools/exe:PATHexportLD L IBRARY P ATH=
AMBERHOME/AmberTools/lib:$LD_LIBRARY_PATH

#这时，openmpi还是不能生效，利用which mpirun发现intel里集成了mpir，所以将intel集成的mpi目录改一个名子，让openmpi生效。

9. 安装并行版本的Amber11

cd /home/soft/amber11/AmberTools/src 

./configure –mpi intel

cd /home/soft/amber11

./AT15_Amber11.py

cd src

make clean

make parallel

#测试方法：

cd /home/soft/amber11/test

make test.parallel

10. 重新单独安装openmpi

#安装目录：/home/soft/openmpi

#将之前安装在ambertools目录中的openmpi环境变量屏蔽掉重新安装，并添加.bashrc

# openmpi 

export MPI_HOME=/home/soft/openmpi

export PATH=/home/soft/openmpi/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/home/soft/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

#这一步不是必须的，只是为了以后再安装别的并行软件如gromacs时方便

11. Copy /boot/.bashrc to your own .bashrc

# 以上安装是在root下进行的，也可以在普通用户下进行安装

#最终的普通用户下的.bashrc 文件：

# /home/yuanxh/.bashrc

#___________________________________________________________ 

# intel icc 

source /home/soft/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64 

export MKL_HOME=/home/soft/intel/mkl

#________________________________________________________________ 

# amber11 

export AMBERHOME=/home/soft/amber11 

export PATH=$PATH:/home/soft/amber11/bin 

export DO_PARALLEL="mpirun -np 4" 

#________________________________________________________________ 

# openmpi

export MPI_HOME=/home/soft/openmpi

export PATH=/home/soft/openmpi/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/home/soft/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

#________________________________________________________________

# fftw

export CPPFLAGS=-I/opt/fftw3/include

export LDFLAGS=-L/opt/fftw3/lib 

export FFTW_LOCATION=/opt/fftw3

export FFTW3F_LIBRARIES=/opt/fftw3/lib

export FFTW3F_ROOT_DIR=/opt/fftw3

export FFTW3F_INCLUDE_DIR=/opt/fftw3/include 

#________________________________________________________________ 

# Gromacs-4.5.5

export PATH=$PATH:/home/soft/gmx/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/soft/gmx/lib 

#________________________________________________________________

# VMD 

export PATH=$PATH:/home/soft/vmd/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/soft/vmd/lib

#________________________________________________________________

12.注意事项与其他说明

*注1：如果机器是64位的，那么安装的软件也要求是64位的。

*注2：查看机器是什么系统的，例如：mips、intel、 opteron。编译器根据不同的CPU类型有不同的选择，intel核心建议使用intel的编译器，opteron核心建议使用pgi的编译器。强烈不推荐gnu的编译器，运行效率太低。Opteron一般不支持intel编译器，所以可选择gnu或pgi编译器。保证编译并行库和AMBER时使用相同的编译器和相同的编译选项。

*注3：编译时要使用相同的编译选项，要么都编成32位的，要么都编成64位的。不能并行库编成32位，而AMBER编成64位，反之亦然。

*注4：并行库有OpenMPI，LAM和MPICH等，OpenMPI比较好用。同时，MPICH支持1000兆网速，不支持Inifiband高速网，在高性能机上，采用并行，选择OpenMPI，如果在一般的集群，可采用MPICH

*注5：如果采用pgi编译器，有一个针对不同CPU的选项（-tp），要格外注意，编译前可以使用man帮助系统查看一下。AMBER9所附带的netcdf库似乎有个问题。这个库的Makefile文件独立于AMBER生成的config.h，因而在某些体系下会出现配置不一致的情况，导致链接时找不到库函数的定义。解决办法就是手工修改netcdf目录下的Makefile文件，使它的编译器、编译和链接选项与AMBER的生成文件一致。这个问题好像只在pgi/opteron的情况下遇见过。

*注6.注意测试并行版前要设置一下环境变量，比如： export DO_PARALLEL =‘mpirun -np 4’，根据不同的机器其实际参数不一样。

*注7：configure_openmpi所支持的OPENMPI版本为1.4.2和1.4.3 *注8：MKL这次支持10.0或11.0系列版本。如果使用的是9.0系列或更早的版本，在configure的时候需要加上-oldmkl参数 *注9：并行器的参数进行了简化，不管用什么并行器，参数均为-mpi（前提是设置好环境变量）

*注10: PMEMD在Amber11中不用单独安装

Amber 12

1. 安装intel编译器（intel官网下载）。我装的版本是l_ccompxe_intel64_2011.9.293，l_fcompxe_intel64_2011.9.293，l_mkl_10.3.7.256_intel64，l_mpi_p_4.0.3.008。安装方法google一下，比较简单，直接./install.sh，按照提示一步一步来就可以了。安装完成之后，要在emacs ～/.bashrc中添加如下：

export /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/iccvars.sh intel64 export /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ifortvars.sh intel64 export /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh export /opt/intel/impi/4.0.3.008/bin64/mpivars.sh

保存。然后source ~/.bashrc。终端中输入which icc和which ifort，输出的路径正确算是安装成功。

2 sudo yum install gcc flex tcsh zlib-devel bzip2-devel  libXt-devel libXext-devel libXdmcp-devel

3.解压ambertools12和amber12：

cd /home/zheng/softwares/amber

tar xfj AmberTools12.tar.bz2

tar xfj Amber12.tar.bz2

4. 设置环境变量：

export AMBERHOME=/home/zheng/softwares/amber/amber12

export MKL_HOME=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl

export MPI_HOME=/opt/intel/impi/4.0.3.008/intel64

export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin

保存。source ~/.bashrc

5.打补丁：

$AMBERHOME/patch_amber.py --update-tree

6. 安装串行版amber12：

./configure intel

make install

make test

7. 安装并行版amber12：

不需要make clean

./configure -mpi intel 直接make install会出错。打开config.h,把里面所有的mpif90都改成mpiifort，所有的mpicc都改成mpiicc，保存。然后再make install

export DO_PARALLEL="mpirun -np 2"

make test