我的phpmyadmin版本是v3.4.9，是个比较新的版本，
第一步：
使用Mysql治理员帐号通过phpmyadmin登陆，然后点击“导进”，然后点击“浏览”按钮，找到phpmyadmin文件夹下的scripts文件夹里的一个名为create_tables.sql的文件。把它导进就OK了。
第二步：
打开phpmyadmin文件夹下的libraries文件夹，找到名为config.default.php的文件，使用文本编辑工具（不推荐使用记事本，建议使用Dreamweaver之类的工具）打开该文件。对其进行修改。
修改的内容并非连续的，请手动进行修改，请勿复制。
libraries/config.default.php,将$cfg['PmaNoRelation_DisableWarning']的值改为ture。
分别修改下面选项为：
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = ‘phpmyadmin’; // ‘phpmyadmin’ – see scripts/create_tables.sql
$cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = ‘pma_bookmark’; // ‘pma_bookmark’
$cfg['Servers'][$i]['relation'] = ‘pma_relation’; // ‘pma_relation’
$cfg['Servers'][$i]['table_info'] = ‘pma_table_info’; // ‘pma_table_info’
$cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = ‘pma_table_coords’; // ‘pma_table_coords’
$cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = ‘pma_pdf_pages’; // ‘pma_pdf_pages’
$cfg['Servers'][$i]['column_info'] = ‘pma_column_info’; // ‘pma_column_info’
$cfg['Servers'][$i]['history'] = ‘pma_history’; // ‘pma_history’
$cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = ‘pma_designer_coords’;
第三步：
注销phpmyadmin之后并重新登录。大功告成！