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  • 3D Slicer 医学图像检测标注教程(导入查看标签与修改标签)

    对于已经导出的DICOM标签,可能需要在专业医学人员检查之后进行修改。本文介绍如何将已经导出的DICOM标签重新导入3D slicer,并进行修改。

    一、导入数据

    打开软件后,首先查看一下Data,把里面的已有的数据全选然后右键点击Delete(删除之前请确认其中的标签已经成功导出了),这是为了防止软件内存占用太大。
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    依次将同一个病例的原CT的Dicom序列的文件夹,与之前导出的标签Dicom序列的文件夹拖入3D slicer(文件夹路径不能有中文),然后在DICOM Brower里面,选中这个病例的CT和标签:
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    上图左列显示了三个病例,是已经打开过的病例,选中本次的病例,然后把中间和右边两列的标签和CT都选上(按住shift左键点击可多选)(标签的SeriesNumber为1,CT的SeriesNumber为4)。再点击Examine与Load。(Examine和Load过程会需要10多秒,根据电脑性能)。

    当3D slicer右边视图中显示了CT或者label时,导入完成,可以关闭DICOM Brower了(还没有导入完成时就关闭DICOM Brower可能会卡死)。

    二、将标签叠加显示在CT上

    切换至Segment Editor模块
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    Master volume是控制当前右边的四个视图显示的volume,其下拉框内,可以看到有刚刚导入的2个volume: CT 与 Label:
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    选择CT进行显示:
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    选择Label进行显示:
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    可以用Rename current Volume对master volume名字进行修改,本文将这两个volume改名为CT和Label,以更方便进行区分。
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    选择Master Volume为Label,即对Label进行显示,然后点击Add添加一个Segment:
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    选中添加的Segment,然后点击下面的Effects里面Threshold工具:
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    点击Threshold工具之后,会出现Threshold相关选项(下图红框),同时右边的视图会开始闪烁。
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    标签的正常阈值是0.00 – 1.00,即标注多边形内为1,背景为0。

    现在只需要显示标注,因此将Threshold Range调至1.00 – 1.00,然后点击下面的Apply:
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    点击Apply之后,会发现右边视图里面的只有Label区域变成Segment设置的颜色,这里是默认的绿色:
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    选择Master Volume为CT,即对CT进行显示,会发现绿色的标签叠加显示在了CT上:
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    查看当前横断面Slice序号:把鼠标移到横断面视图内,然后在3D Slicer的左下角Data Probe内可以看到当前横断面Slice序号:
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    为了更好地查看标签,可以经常点击Segment前面的小眼睛,控制叠加的标签的 显示/不显示,也可以将标签的内部填充不透明度设置为0;具体操作见上一篇博客 的 四、4 节。

    到这一步就已经完成了叠加显示,当前的3D slicer状态就处于了标记状态,可以使用Draw工具对Segment进行增补,也可以使用Erase工具对Segment进行删减,和上一篇博客的标注过程一样。

    对Segment修改完成之后,同样按照上一篇博客的方法进行标签的导出,即在Data模块里面,先选中Add的那一个Segment ,右键,再点击Export visible segments to binary labelmap:
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    再对labelmapvolume选中右键,点击Export to Dicom
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    在弹出的Dicom Export框内,将默认的output folder修改为另一个全英文路径,点击Export即可。

    注意:在3D Slicer里面对CT或者label进行的任何操作,都不会改变原来的CT和label数据,因此没有改动就没必要重新导出,改动后的标签也就必须重新导出为新的一份标签。

    注意:每次标注完一个CT并保存标签之后,或者查看完一个CT和标签之后,需要继续标注或者查看另一个case时,强烈建议将已经导入3D slicer的数据都删除后,再导入新的case,以防内存溢出,删除的方法见上一篇博客。

    番外、窗宽窗位调节

    窗宽窗位调节在标注过程中很重要,窗宽窗位调节虽然不会改变数据本身,但是会改变图像的可视化效果。有时候病灶看不见或者模糊就是因为窗宽窗位调地不合适。窗宽窗位调节的方法很简单,就是按住左键在视图内左右慢慢移动或者上下慢慢移动。但是怎样的窗宽窗位算是比较合适没有个标准,不同CT之间不一样。对于磨玻璃,可供参考的窗宽窗位如下图所示。在Volumes模块中,选择Active Volume为CT,可以查看窗宽窗位的具体数值(W为窗宽,L为窗位);软件也提供了一个推荐的肺部窗宽窗位,但也不一定适用于所有case。
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