医院的医疗信息系统总体可以分为两类：一类是关于医院管理运作的，另一类是关于临床医疗护理的，即面向医院管理和病人管理，前者被称为HIS(医院信息系统)，后者被称为CIS(临床信息系统)。HIS是以经济核算为主轴，主要是实现对医院人流、物流、财流的综合管理；CIS是以病人为中心，直接为病人的临床医疗、护理服务，具有临床决策支持功能的信息系统。事实上，HIS与CIS又是相互关联的，例如医嘱管理，既是HIS的计价收费依据，又是CIS中的诊断治疗内容。
二者区别
HIS是以事务管理为主要内容，它的功能明确，数据易于结构化，其采集、处理方法简单而固定。如病人的医疗费用管理，药品的库存、发放管理，人事档案管理。
CIS是以医疗过程为主要内容，而医疗过程是一个基于医学知识和医疗经验的推理、决策的智能化过程，由于面对的病人个体性强而重复性差，数据不易结构化，其采集及处理涉及到医学知识的表达和应用，医疗经验以及决策化支持，因此较之HIS更加复杂和困难。如电子病历、专家诊疗系统。
HIS与CIS在系统中心、主要数据、主要目标、服务客户、所需资源等方面都有所不同，主要区别如下：HIS是以处理人、财、物等信息为主的管理系统，CIS是以处理临床信息为主的管理系统;HIS是面向医院管理的，是以医院的人、财、物为中心，以重复性的事务处理为基本管理单元，以医院各级管理人员为服务对象，以实现医院信息化管理、提高医院管理效益为目的。而CIS是面向临床医疗管理的，是以病人为中心，以基于医学知识的医疗过程处理为基本管理单元，以医院的医务人员为服务对象，以提高医疗质量、实现医院最大效益为目的。因此，二者的区别是十分明显的，如下表所示：
根据我国医院现行体系结构模式、管理模式和管理程序，一般可将HIS分为以下23个模块(子系统)
医疗门诊、急诊病人挂号子系统；
医院门诊收费划价和门诊收费管理子系统；
医院急诊病人管理子系统；
医院门诊医生工作站子系统；
检验信息子系统；
医学影像子系统；
医院住院医生工作站子系统；
护士工作站子系统；
医院病房床位管理子系统；
医院住院病人入、出、转院管理子系统；
医院住院收费子系统；
医院住院手术、麻醉管理子系统；
医院病案管理子系统；
医院药品管理核算子系统；
物资管理子系统；
设备管理子系统；
医院财务会计核算处理子系统；
医院医疗统计分析子系统；
社会医疗保险事业管理子系统；
社区医院预约医疗保健服务管理子系统；
医院门诊病人导医咨询服务子系统；
医院领导决策分析子系统；
网友观点
网友@x1988w：总感觉现在的HIS厂商是把HIS和CIS混合在一起的，对于用户来说，感觉没有什么区别!
网友@plssym：一直把CIS包含在HIS中，以为就是一体的。
网友@liangwei3love：二者分不清楚，HIS基本都包括了。
网友@luowei134：CIS是要考虑合理架构的。
网友@sheva0622：HIS严格意义上是整个数字化医院建设。只是目前国内主流区别方式把这个定义缩小到只有收费、发药等基础功能的范围了。CIS严格意义上是整个与医院临床工作有关系的系统，包括了电子病历(EMR)，电子医嘱，手术麻醉等系统。不过国内现在最主流的区分方式还是将CIS中的电子病历(EMR)划为了独立的一个系统，其实这是不严谨的。
网友@zhangxjgz：
HIS-基于收费
LIS-基于化验
PACS-基于影像处理
CIS-基于临床医疗(含EMR、ICU等)
总结
HIS与CIS既相互区别，又相互依存、相互关联。住院登记属于HIS，但它提供的病人信息是CIS的信息基础。在HIS和CIS中都涉及到LIS，但LIS在HIS中的功能主要注重申请——检查——结果的事务性管理，而LIS在CIS中的功能更注重信息在临床诊断、治疗中的作用。
个人以为，无论是HIS、CIS还是电子病历等信息系统，都不是独立的，它们之间是存在交集的，并不是某个系统只能属于HIS或CIS。