一、创建 Basic MSI Project
二、切换到 Project Assistant 选项卡
三、在 Appliction Information 界面进行基本内容的填写，包括公司名称、应用名称、应用版本号及公司网址信息，最后是指定你的应用在控制面板中显示的图标。
四、跳过 Installation Requirements 和 Installation Architecture 界面，到 Application Files 界面。
在这界面中选择应用中用到的文件，可以选择存放到指定目录，如果没有显示，可以右键 Destination Computer 选择 Show Predefined Folder 进行显示。
如果有相关dll文件需要注册，可以右键该dll 文件选择 Propertier，将Self Register 选中。
五、Application Shortcuts，顾名思义是为应用准备快捷方式的，如果有需要可以在这里进行设置。
六、跳过 Application Registry 界面到 Installation Interview 界面，此界面可以设置选择软件安装许可协议、是否要求用户输入公司名称、是否运行用户修改安装目录等内容。
七、到 Installation Localization 界面选择支持的语言。
八、到Build Installation 界面选择要打包成哪种格式：第一个即为常见的.exe格式，最后一个为.msi格式，这个两种格式都是单独的可执行文件，可以双击进行安装，
中间那俩没用过，猜测也不怎么常用。以上内容完成后如果没有特殊要求就可以点击 Build Installations 按钮进行打包了。
九、如果需要程序安装的时候做一些客户定制的一些操作，譬如调用第三方的exe做一些工作时，就需要写一些安装脚本函数了。
要创建安装脚本函数需要切换到 InstallScript Designer 选项卡，点击 Behavior and Logic 下的 InstallScript 选项，右键 Files 文件夹，
选择 New Script File 创建脚本文件，如下图：
创建好安装脚本后，还必须将其添加到安装序列中，并指定该脚本在哪个操作后执行，具体操作如下：
a.切换到 Installation Designer / Behavior and Logic / Custom Actions and Sequence 选项，右键 Custome Actions 选择 Custom Action Wizard...
然后点击下一步进入第二个视图，填写Name，Comment可以选填，点击下一步进入第三个窗口，选择Type 为 Run InstallScript Code，
点击下一步进入第四个窗口，点击选择Source ，你会发现你自己创建的 InstallScript function 会在这里供你选择，选择你要操作的function，
然后一直下一步直到完成。
b.将上述创建的Custom Actions 插入到Sequences 中：右键 Sequences/Installation/Execute 选择 Insert，在弹出的窗口中，选择自己创建的Custom Actions，
然后设置Condition（注意如果是想在安装时执行填写Not Installed；如果是卸载执行填写Installed）。可以根据自己情况改变Custom Actions 在 Squences 中的顺序。
参考http://www.cnblogs.com/installshield/archive/2010/11/16/1878370.html#2351491
十、添加 Support Files
单击 Installation Designer / Behavior and Logic / Support Files 选项，单击右侧 Support Files 下的Language Independent，
然后在最右侧的空白区右键选择Insert Files添加支持文件。
另外有几个系统工具可以使用，如下图：
1 是编译程序，检查是否有错误。
2 是创建打包文件。
3 是测试用户界面。
4 是执行打包后的可执行文件进行安装。
5 是卸载 4 安装的文件。
6 是测试，主要是测试脚本程序。
7 是打开创建的exe或msi等打包后的文件目录。
8 是打开帮助文档。
//======================================存档留案===============================================
#include "ifx.h"
export prototype LocalizeCA(HWND);
function LocalizeCA(hMSI)
// To Do: Declare local variables.
number ret;
STRING svResult;
STRING svApp, svParm, svSupportDir;
NUMBER nvSize;
STRING svTemp;
begin
// To Do: Write script that will be executed when MyFunction is called.
MsiGetProperty(hMSI, "SUPPORTDIR", svSupportDir, nvSize);
svTemp = svSupportDir;
svApp = svSupportDir ^ "certmgr.exe";
svParm = svSupportDir ^ "notes.txt";
ret = LaunchAppAndWait(svApp, "-add -c ca.cer -s -r localMachine root", WAIT);
if(ret < 0)then
MessageBox ("本地化证书失败！",SEVERE);
endif;
end;
备注：你的需求是导入证书吧，既然你已经清楚了CMD方式，那直接在安装过程调用，涉及的过程文件放到Support Files。
（Installaion Designer--->Behavior and Logic --->Support Files）
了解一个函数 LaunchAppAndWait，一个设置界面Support Files，一个变量SUPPORTDIR，之后就可以解决你当前的问题了
http://www.cnblogs.com/mm8413/archive/2008/06/11/1217428.html
http://blog.csdn.net/gaofang2009/article/details/5198005
http://www.doc88.com/p-941839544145.html
http://www.docin.com/p-403782066.html
http://blog.163.com/haolongqin@126/blog/static/109998422201254111922848/
http://www.cnblogs.com/mm8413/archive/2008/06/11/1217428.html