Interspecies genomic comparison
因为脊椎动物诞生早，在演化过程中有Macroevolution（因为自然选择或遗传漂变导致持续突变同时表型发生改变），但是存在一种基因缺失是因为基因的沉默现象（发生在中性位点），所以不易该基因是否有功能。比较基因组学在这里可以用于研究种群进化，基因型与表型的关系。
选择具有代表性的物种基因（高质量assembly）可以加剧基于共同背景（比如都吃竹子）的差异。Eg：浣熊与熊猫；虽然基因型不同，但有相同表型。Eg：负鼠基因组与人类，狗和老鼠基因组比较时，发现其在早年间的多样性分叉，同时发现其近期突变大多发生在保守的非编码区（来源于转座元件），所以可知转座元件是多样性的原因之一。Eg：对于鸟类的比较基因组学可以推测它们在短时间内有一个广泛辐射，导致编码区突变和断裂。Ps但另有找到一个单倍体与beak有关，所以并不确定。Eg：失而复得的鱼，比较基因组后发现其与四足动物的祖先有关系。
Silent changes：基因型改变但是表型不发生改变。
Conserved non-coding elements（CNEs）：保守非编码区：调控元件的一部分
Transposable elements：转座元件，移动的DNA序列，可以插入基因组（所以影响基因表达，创建新的调控元件）。
Neutral sites：因为沉默基因，所以可以随意突变。