搞不清楚这两个的区别，特地百度了一下。下面这篇挺好就转来了，谢谢原作者.
另外根据我的实验当创建项目时指定Web Site时，添加webform会默认在代码中使用CodeFile。而创建项目时指定Web Application时，添加webform会默认在代码中使用CodeBehind。而创建的项目是Web Site时使用vs发布网站，指定属性是使用单页程序集的话，页头的配置属性会被动态修改，去掉CodeFile属性，并制定程序集的友好名。例如会转换为为如下形式：
<%@ page language="C#" masterpagefile="~/MasterPage.master" autoeventwireup="true" inherits="_Default, App_Web_default.aspx.cdcab7d2" title="无标题页" %>
App_Web_default.aspx.cdcab7d2.dll为vs自动编译出来的程序集，放在bin目录下。
下面是文章原文：
今天同事在把一个Web项目从 Web Site 升级成 Web Application 应用后部署的时候，报错：
Server Error in '/' Application.
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Parser Error
Description: An error occurred during the parsing of a resource required to service this request. Please review the following specific parse error details and modify your source file appropriately.
Parser Error Message: The file '/index.aspx.cs' does not exist.
Source Error:
Line 1: <%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile ="index.aspx.cs" Inherits="Community.IndexHomePage.index" %>
Line 2:
原因就是不知道为啥，采用系统升级工具，没有把这个Web Page 的 CodeFile 变成 CodeBehind 。
而且仅仅只是这一个页面没升级，其他页面都升级了。
再加上这两个属性都是 Code 开头的，一不留神，就会觉得一个属性。结果忙活了一回。
CodeFile 与 CodeBehind 在使用上是有很大区别的
先看 MSDN 上的说明：
CodeBehind
指定包含与页关联的类的已编译文件的名称。该属性不能在运行时使用。
Specifies the name of the compiled file that contains the class associated with the control. This attribute is not used at run time.
CodeFile
指定指向页引用的代码隐藏文件的路径。此属性与 Inherits 属性一起使用可以将代码隐藏源文件与网页相关联。此属性仅对编译的页有效。
Specifies a path to the referenced code-behind file for the control. This attribute is used together with the Inherits attribute to associate a code-behind source file with a user control. The attribute is valid only for compiled controls.
我这里碰到的情况就是，整个Web 项目被编译成了组件，但是 ASPX 页面有如下的定义：
<%@ Page CodeFile="***" Inherits="***" %>
这时候，ASP.net 就需要找 CodeFile 中指定的文件，以便动态编译，但是找不到，所以就报上述错误了。
对于开发时，即 页面的逻辑代码 cs 文件存在的时候，下属两种写法都没有问题。
<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" Codebehind="index.aspx.cs" Inherits="Community.IndexHomePage.index" %>
<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="index.aspx.cs" Inherits="Community.IndexHomePage.index" %>
但是部署到站点后，我们不会部署 cs 文件，这时候，后一种写法就会报找不到文件的错误了。除非你把 cs 也部署出去，否则就会报编译时错误，找不到文件...
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