在税务稽查、纳税评估时期，纳税人最好的应对办法就是自查自纠。作为超市零售业，应当从税负、毛利率、存货购进、税率等6个方面进行自查自纠，防范税收风险。
一要自查税负和毛利率是否异常。超市是零售业，其税负与毛利率直接相关，可以利用税负与毛利率×税率的关系来测算税负是否正常，但税负与毛 利率之间只是具有一定的关系，正常情况下并不直接相等。因此，在测算的过程中，一定要考虑以下三方面问题：（1）固定资产抵扣。如果某期有大量固定资产进 项税额可抵扣，那么税负可能很低甚至为负数，而毛利率×税率是相对稳定的。（2）期末库存量。如果某期大量购进材料或库存商品，期末库存远大于期初库存， 那么税负可能很低甚至为负数，而后者仍然是相对稳定的。（3）列入费用科目的货物购进。比如购进水电的抵扣，如果某期有较大的水电耗用量，那么税负可能很 低甚至为负数，而毛利率×税率却仍然相对稳定。例如，某超市收入为1000万元，毛利率为12%，如果该期期末库存量与期初库存量相差不大，固定资产购进 量及列于费用科目的货物购进量也不大，那么该超市应纳税额的测算值为20.4万元（1000×12%×17%）。但如果当期期末库存量150万元，期初库 存量是100万元，固定资产购进量20万元，列入管理费用的水电费30万元，那么该超市应纳税额的测算值为3.4万元 ［1000×12%×17%-（150-100）×17%-20×17%-30×17%］。计算出测算值后，再将测算值与实际应纳税额进行比较，如果两者 基本一致，那么就可以用毛利率、存货购进、固定资本购进等来说明税负或高或低的原因；如果不一致，则要作进一步检查，核实不一致的原因。
二要按照存货购、销、存的公式，自查是否多取得了进项税额发票。其存货购、销、存的稽核公式为：期末存货+销售成本=期末存货+存货购进金 额，计算出购进存货的测算值，再核实购进存货取得进项发票的金额，将实际购进存货取得进项发票数进行比较，核实企业是否多取得了进项税额发票。接上例，该 超市销售成本为880万元，已取得购进项目的发票金额为970万元，而购进存货的测算值为930万元（880+150-100），取得发票的购进金额比购 进存货的测算值要多40万元，貌似该超市多取得了进项发票。实际上，核实购进存货取得进项发票时，一定要考虑购进存货未取得发票或未取得抵扣发票的金额、 固定资产购进金额以及列入费用项目的购进金额。接上例，该超市未取得抵扣发票金额为10万元，固定资产购进量为20万元，列入管理费用的水电费为30万 元，则实际购进存货的取票金额为930万元（970+10-20-30）。把这些都考虑进去后，实际购进存货的取票金额与购进存货的测算值是一致的，不存 在多取得进项发票的现象。
三要自查是否将增值税应税项目列为营业税项目。超市一般有三种经营方式：自营、联营和租赁。其中联营部分的收入由两部分组成：一个是联营扣 点收入，应作为增值税应税项目缴纳增值税；另一个是向供货商收取的返利、促销服务费、场地管理费、展示费、陈列费等，根据《国家税务总局关于商业企业向货 物供应方收取的部分费用征收流转税问题的通知》（国税发〔2004〕136号）的规定，这部分收入如果与商品销售量、销售额无必然联系，且商业企业向供货 方提供一定劳务的收入，应按营业税的适用税目税率征收营业税，如果与商品销售量、销售额挂钩（如以一定比例、金额、数量计算）的各种返还收入，均应按照平 销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金，不征收营业税。超市在自查时，要特别注意联营扣点收入是否按合同规定的扣点收取，是否有具体的结算单。比 如，合同规定是20%的扣点，那么该商品的毛利率就是20%，如果没有达到20%，就要核实是否将部分毛利额列为营业税项目。另外，要核实向供货商收取的 返利、促销服务费、场地管理费、展示费、陈列费等其经济实质是否与商品销售量、销售额挂钩。如果是直接相关的，如以一定比例、金额、数量计算收取的，不管 以什么名义收取的，都要作为增值税项目冲减当其增值税进项税金。如果与商品销售量、销售额无必然联系，应作营业税项目征税，同时应当准备好相关的合同、协 议及在物价局备案的收费标准、具体的结算单据等资料，以备检查。
四要自查发售商业预付卡是否按规定开具发票，是否按规定计算缴纳税款。对商场、超市等商业企业发售商业预付卡的业务，是按直接收款方式还是 按预收账款的方式进行税收、会计处理，相关的法律、法规都没有作明确的规定，各地执行的政策也不一致，但超市在处理商业预付卡业务时，要掌握两个原则：一 是不管按哪种方式进行税收、会计处理，只要开具发票的，按照增值税暂行条例第十九条第一款的规定，都要在开具发票的当月计算缴纳税款。二是不管在哪个环节 开具发票，不能既在发售商业预付卡时开具又在消费者使用商业预付卡购物或消费时开具，不得重复开具发票。
五要自查从租赁店收取的电费收入是否作收入计算缴纳增值税或作进项税额转出，公共部分使用的电费是否作进项税额转出。超市购进的电力用于租 赁经营，属于用于非增值税应税项目，按照增值税暂行条例第十条第一款的规定，要进项税额转出。如果超市开具了发票给租赁店，那应当作销售收入计算缴纳增值 税。由于超市还有部分免税销售收入及从联营供应商取得营业税项目收入，对公共部分使用的电费，要按照增值税暂行条例实施细则第二十六条规定，按下列公式计 算不得抵扣的进项税额：不得抵扣的进项税额＝当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额、非增值税应税劳务营业额合计÷当月全部销售额、营业额合计 收入的比例，依此作进项税额转出。
六要清查是否存在混淆税率的情况，有无将17%税率商品按13%税率计税，有无将13%税率商品按免税货物计税的情况。如果有混淆税率的情况，要补缴增值税，并及时将财务核算软件的商品税率进行调整。