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  • 1stopt、matlab和python用morris、sobol方法实现参数敏感性分析

    首先看抛物线函数:

     现在我取a=2,b=3,c=4 ,得到如下函数:

    x或t都是指自变量,就不改了,一个意思。 

    问题是,我想知道对于此数据和模型,参数a,b,c的敏感性,也就是y的改变量与a、b、c的改变量的比值关系。


    • 首先用1stopt分析:
     1 NewCodeBlock"SA";
     2 Parameter a=[1,3],b=[2,4],c=[3,5];//要优化的参数及其范围
     3 Variable t,y;//变量
     4 Function y=a*t^2+b*t+c;
     5 Data;
     6 //t    y 变量顺序要和Variable后变量对应
     7 -5    39
     8 -4    24
     9 -3    13
    10 -2    6
    11 -1    3
    12 0    4
    13 1    9
    14 2    18
    15 3    31
    16 4    48
    17 5    69

     以下分别为各种参数敏感性方法(包括morris局部和全局,偏微分方法局部和全局):

     

     

     以上就是4中方法的结果。用的目标函数是SSR,点的范围我用的是上下浮动50%,正好布满整个给定空间:

    可以看morris局部敏感度分析具体数据:

    a:

    b:

    c:

    然后将灵敏度指数平均得到morris局部方法(本质是OAT方法,一次改变一个)分析结果:

    全局方法(本质是通过拉丁抽样实现同时考虑多个参数的影响)就不是这个思路了,看一下超拉丁抽样:

    总结一下1stopt中4种方法参数灵敏度结果:

    morris方法局部:

    名称 灵敏度指数 灵敏度指数(%)
    a 3.916E18 89.1113892365457
    b 4.125E17 9.38673341677096
    c 6.6E16 1.50187734668335

    morris方法全局:

    名称 灵敏度指数 灵敏度指数(%)
    a 2.00290323137447E18 81.4890482414753
    b 2.10289523274038E17 8.55572692595605
    c 2.44687506069835E17 9.95522483256862

    偏微分方法局部:

    名称 灵敏度指数 灵敏度指数(%)
    a 3.99432000000567E18 89.1113892365577
    b 4.20750000000213E17 9.38673341676365
    c 6.73199999998753E16 1.50187734667864

    偏微分方法全局:

    名称 灵敏度指数 灵敏度指数(%)
    a 3.98876054886661E18 82.084202339751
    b 4.20542269921853E17 8.65428655186941
    c 4.50049450186404E17 9.26151110837963


    • 下面用matlab写sobol方法进行分析:
      1 % sobol 参数敏感性分析
      2 %算法参考:
      3 % csdn : https://blog.csdn.net/xiaosebi1111/article/details/46517409
      4 % wiki: https://en.wikipedia.org/wiki/Variance-based_sensitivity_analysis   具体参考文献这里也有
      5 %运行环境 matlab2016b
      6 %作者 blzhu@buaa.edu.cn 2020年6月7日
      7 %% 初始化
      8 clc;
      9 clear all;
     10 close all;
     11 %% 设定:给定参数个数和各个参数的范围
     12 
     13 % % 1-自定义子函数1
     14 % D=3;% 维度3,几个参数
     15 % nPop=4:500:5000;% 采样点个数,也就是参数水平数 ,取大了好,比如4000,但慢
     16 % VarMin=[-pi -pi -pi ];%各个参数下限  SALib :S1: [ 0.30797549  0.44776661 -0.00425452] ;ST: [0.56013728 0.4387225  0.24284474]
     17 % VarMax=[pi pi pi];%各个参数上限
     18 % myFunction=@(x) Ishigami(x);%目标函数,也可以是个黑盒子
     19 
     20 % % 1-自定义子函数2
     21 D=3;% 维度3,几个参数
     22 nPop=4:50:1000;% 采样点个数,也就是参数水平数 ,取大了好,比如4000,但慢
     23 VarMin=[1 2 3 ];%各个参数下限
     24 VarMax=[3 4 5];%各个参数上限
     25 myFunction=@(x) myx2(x);
     26 
     27 % % 1-自定义子函数3
     28 % D=4;% 维度3,几个参数
     29 % nPop=4:50:1000;% 采样点个数,也就是参数水平数 ,取大了好,比如4000,但慢
     30 % VarMin=[1 2 3 4];%各个参数下限
     31 % VarMax=[3 4 5 5];%各个参数上限
     32 % myFunction=@(x) myx3(x);
     33 
     34 
     35 %% 开始计算
     36 numnPop=numel(nPop);
     37 SAll=zeros(numnPop,D+1);%分别是各参数的敏感度,最后一列是各参数敏感度之和
     38 STAll=zeros(numnPop,D+1);
     39 for i=1:numnPop
     40     [S,ST]=sobol(D,nPop(i),VarMin,VarMax,myFunction);
     41     SAll(i,1:D)=S';
     42     SAll(i,D+1)=sum(SAll(i,1:D));
     43     STAll(i,1:D)=ST';
     44     STAll(i,D+1)=sum(STAll(i,1:D));
     45 end
     46 %% 绘图
     47 color=[1 0 0;0 1 0;0 0 1;0.5 0.1 0;0 0.3 0.4;0.6 0.7 0.2;0.5 0.8 0.9;0 0.2 0.1;0.1 0.5 0;0.1 0 0.5;0.5 0 0.1];%12种颜色 一般颜色不一样
     48 marker=['o','+','*','.','x','s','d','^','v','>','<','p','h'];%13种标记 一般标记也不一样; 字符数组,每个字符占1个位置
     49 linestyle=[string('-'),string('--'),string(':'),string('-.'),string('none')];
     50 useL=1;
     51 
     52 figure(1)
     53 for i=1:D+1
     54 plot(nPop,SAll(:,i),'Marker',marker(i),'LineStyle',char(linestyle(useL)),'Color',color(i,:),'LineWidth',1);
     55 hold on
     56 end
     57 title('Sobol-S');
     58 whichPara=sprintfc('%g',repmat(1:D+1,1,2));%把数字数组转化成字符串数组
     59 legend(whichPara,'Location','bestoutside');%加图例
     60 
     61 
     62 figure(2)
     63 for i=1:D+1
     64 plot(nPop,STAll(:,i),'Marker',marker(i),'LineStyle',char(linestyle(useL)),'Color',color(i,:),'LineWidth',1);
     65 hold on
     66 end
     67 title('Sobol-ST');
     68 whichPara=sprintfc('%g',repmat(1:D+1,1,2));%把数字数组转化成字符串数组
     69 legend(whichPara,'Location','bestoutside');%加图例
     70 
     71 disp('一阶影响指数(左方向收敛于1)Sobol-S:');
     72 disp(S);
     73 disp('总效应指数(大于等于1,且仅当myfun是纯相加时取等号)Sobol-ST:');
     74 disp(ST);
     75 disp(datetime);
     76 disp('parameter sensitive analyse success use sobol method!');
     77 %% 火车声音提示已经算完了
     78 load train
     79 sound(y,Fs)
     80 
     81 
     82 
     83 %% -------------------------子函数 matlab2016之前不支持子函数写在同一个m文档中----------------------------
     84 % 1-自定义子函数1(3个参数)Ishigami  https://www.sfu.ca/~ssurjano/ishigami.html
     85 function y=Ishigami(x)
     86 y=sin(x(1))+7*(sin(x(2)))^2+0.1*x(3)^4*sin(x(1));% SALib用的这个 
     87 % y=sin(x(1))+7*(sin(x(2)))^2+0.05*x(3)^4*sin(x(1));
     88 end
     89 
     90 % 1-自定义子函数2 (3个参数)
     91 function y=myx2(x)
     92 t=-5:1:5;%与此处有t范围和步距有关系
     93 % t=-5:0.1:5;%与此处有t范围和步距有关系
     94 ylab=2*t.^2+3*t+4;
     95 ytheory=x(1)*t.^2+x(2)*t+x(3);
     96 y=sum((ylab-ytheory).^2);%残差平方和SSR作为目标函数
     97 % y=sum((ylab-ytheory).^2)/numel(t);%各参数灵敏度与上式相同
     98 end
     99 
    100 
    101 % 1-自定义子函数3(4个参数)
    102 function y=myx3(x)
    103 t=-5:1:5;
    104 ylab=2*t.^3+3*t.^2+4*t+5;
    105 ytheory=x(1)*t.^3+x(2)*t.^2+x(3)*t+x(4);
    106 y=sum((ylab-ytheory).^2);
    107 end
    108 
    109 
    110 
    111 %% 2-求sobol敏感度
    112 function [S,ST]=sobol(D,nPop,VarMin,VarMax,myFunction)
    113 M=D*2;% 
    114 %% 产生所需的各水平参数
    115 VarMin=[VarMin,VarMin];
    116 VarMax=[VarMax,VarMax];
    117 p= sobolset(M);% https://www.cnblogs.com/zhubinglong/p/12260292.html
    118 % R=p(1:nPop,:);% 我只用前nPop个
    119 R=[];
    120 for i=1:nPop
    121     r=p(i,:);
    122     r=VarMin+r.*(VarMax-VarMin);
    123     R=[R; r];
    124 end
    125 % plot(R(:,1),'b*')
    126 % 拆分为A B
    127 A=R(:,1:D);% 每行代表一组参数,其中每列代表每组参数的一个参数;行数就代表共有几组参数
    128 B=R(:,D+1:end);
    129 % 根据A B 产生矩阵AB
    130 AB=zeros(nPop,D,D);
    131 for i=1:D
    132     tempA=A;
    133     tempA(:,i)=B(:,i);
    134     AB(1:nPop,1:D,i)=tempA;
    135 end
    136 %% 求各参数解
    137 YA=zeros(nPop,1);%138 YB=zeros(nPop,1);
    139 YAB=zeros(nPop,D);%分别代表YAB1,YAB2,YAB3,YAB(:,D)就代表YABD
    140 for i=1:nPop
    141     YA(i)=myFunction(A(i,:));
    142     YB(i)=myFunction(B(i,:));
    143     for j=1:D
    144         YAB(i,j)=myFunction(AB(i,:,j));
    145     end
    146 end
    147 %%  根据一阶影响指数公式:
    148 VarX=zeros(D,1);% S的分子
    149 S=zeros(D,1);
    150 
    151 % 0: 估算基于给定样本的方差(EXCEL var.p) ;   1:计算基于给定的样本总体的方差(EXCEL var.p())
    152 % var([2.091363878    1.110366059    3.507651769    1.310950363    2.091363878    3.507651769    1.110366059    1.7066512],1);
    153 VarY=var([YA;YB],1,'omitnan');% S的分母。 计算基于给定的样本总体的方差(EXCEL var.p())
    154 for i=1:D
    155     for j=1:nPop
    156          VarX(i)=VarX(i)+YB(j)*(YAB(j,i)-YA(j));
    157     end
    158      VarX(i)=1/nPop*VarX(i);% 蒙特卡罗估计量
    159      S(i)=VarX(i)/VarY;
    160 end
    161 
    162 %% 总效应指数
    163 EX=zeros(D,1);
    164 ST=zeros(D,1);
    165 for i=1:D
    166     for j=1:nPop
    167          EX(i)=EX(i)+(YA(j)-YAB(j,i))^2;
    168     end
    169       EX(i)=1/(2*nPop)* EX(i);% 蒙特卡罗估计量
    170      ST(i)=EX(i)/VarY;
    171 end
    172 end

    我分别取了不同个数的样点 4:50:1000 ,结果如下,可见1000个样点基本稳定了。

    各参数的灵敏度:

    一阶影响指数(左方向收敛于1)Sobol-S:
    0.9728
    0.0030
    0.0001

    总效应指数(大于等于1,且仅当myfun是纯相加时取等号)Sobol-ST:
    0.9860
    0.0031
    0.0155

    当然,也可以在matlab的fileexchange上下载各种工具箱,但这个根据csdn和wiki上写的算法相对简单些,便于魔改。


    • 用python的SALib包分析

    python中也有参数灵敏度分析的包SALib(https://salib.readthedocs.io/en/latest/index.html),这个包支持以下算法:

    下面以sobol方法举例:

    
    
     1 # https://salib.readthedocs.io/en/latest/basics.html#run-model
     2 # -*- coding: utf-8 -*-
     3 from SALib.sample import saltelli
     4 from SALib.analyze import sobol
     5 from SALib.test_functions import Ishigami
     6 import numpy as np
     7 import math
     8 from SALib.plotting.bar import plot as barplot
     9 import matplotlib.pyplot as plot
    10 
    11 # problem = {
    12 #     'num_vars': 3,
    13 #     'names': ['x1', 'x2', 'x3'],
    14 #     'bounds': [[-3.14159265359, 3.14159265359],
    15 #                [-3.14159265359, 3.14159265359],
    16 #                [-3.14159265359, 3.14159265359]]
    17 # }
    18 
    19 problem = {
    20     'num_vars': 3,
    21     'names': ['x1', 'x2', 'x3'],
    22     'bounds': [[1, 3],
    23                [2, 4],
    24                [3, 5]]
    25 }
    26 
    27 
    28 param_values = saltelli.sample(problem, 1000)# 不管用哪个方法计算y,这个要有
    29 np.savetxt("param_values.txt", param_values)# 将参数变化保存,其实是各参数范围内的sobol抽样
    30 
    31 ##  计算Y
    32 # #1-自定义-1
    33 # Y = np.zeros([param_values.shape[0]])
    34 # A = 7
    35 # B = 0.1
    36 # for i, X in enumerate(param_values):
    37 #     Y[i] = math.sin(X[0]) + A * math.pow(math.sin(X[1]), 2) + 
    38 #             B * math.pow(X[2], 4) * math.sin(X[0])
    39 
    40 #1-自定义-2
    41 Y = np.zeros([param_values.shape[0]])
    42 for i, X in enumerate(param_values):
    43     tarr=np.arange(-5,6,1);
    44     yerror=0.0;
    45     for t in tarr:
    46         ylab=2*t**2+3*t+4;
    47         ytheory=X[0]*t**2+X[1]*t+X[2];
    48         yerror=yerror+(ylab-ytheory)**2;
    49 
    50     Y[i] = math.sqrt(yerror);
    51 
    52 # 2-load计算好的txt
    53 # Y = np.loadtxt("outputs.txt", float)
    54 
    55 # 3-SALib自带测试函数
    56 # Y = Ishigami.evaluate(param_values)
    57 ## np.savetxt("outputs.txt", Y)#将因变量变化结果保存
    58 
    59 Si = sobol.analyze(problem, Y ,print_to_console=True)
    60 print()#自动输出S1(单个参数对因变量的影响)、ST(考虑各个变量相互影响)和S2(两两参数之间影响),需有,print_to_console=True
    61 
    62 print("all parameters first-order sensitivity indices   S1:")
    63 print(Si['S1'])# 一阶影响指数
    64 print("all parameters second-order sensitivity indices   S2:")
    65 print(Si['S2'])#二阶影响指数
    66 print("all parameters total  sensitivity indices   ST:")
    67 print(Si['ST'])# 总效应指数
    68 
    69 #绘图 https://zhuanlan.zhihu.com/p/137953265
    70 Si_df = Si.to_df()
    71 barplot(Si_df[0])
    72 plot.show()

    输出结果:

    Parameter S1 S1_conf ST ST_conf
    x1 0.969397 0.069624 0.982232 0.058139
    x2 0.007222 0.009055 0.009680 0.001325
    x3 0.000848 0.008468 0.011699 0.001033

    Parameter_1 Parameter_2 S2 S2_conf
    x1 x2 0.000330 0.070070
    x1 x3 0.010014 0.069389
    x2 x3 -0.000129 0.013788

    all parameters first-order sensitivity indices   S1:
    [9.69397123e-01 7.22243327e-03 8.47690887e-04]
    all parameters second-order sensitivity indices   S2:
    [[        nan  0.00032978  0.01001386]
     [        nan         nan -0.00012935]
     [        nan         nan         nan]]
    all parameters total  sensitivity indices   ST:
    [0.9822323  0.00968001 0.01169928]
     
    也可以用morris方法:
    只需要导入 
    from SALib.analyze import morris
    然后用 
    Si = morris.analyze(problem, Y ,print_to_console=True)  代替 
    Si = sobol.analyze(problem, Y ,print_to_console=True)
     1 # https://salib.readthedocs.io/en/latest/basics.html#run-model
     2 # -*- coding: utf-8 -*-
     3 from SALib.sample import saltelli
     4 from SALib.analyze import sobol
     5 from SALib.analyze import morris
     6 from SALib.test_functions import Ishigami
     7 import numpy as np
     8 import math
     9 from SALib.plotting.bar import plot as barplot
    10 import matplotlib.pyplot as plot
    11 
    12 # problem = {
    13 #     'num_vars': 3,
    14 #     'names': ['x1', 'x2', 'x3'],
    15 #     'bounds': [[-3.14159265359, 3.14159265359],
    16 #                [-3.14159265359, 3.14159265359],
    17 #                [-3.14159265359, 3.14159265359]]
    18 # }
    19 
    20 problem = {
    21     'num_vars': 3,
    22     'names': ['x1', 'x2', 'x3'],
    23     'bounds': [[1, 3],
    24                [2, 4],
    25                [3, 5]]
    26 }
    27 
    28 
    29 param_values = saltelli.sample(problem, 1000)# 不管用哪个方法计算y,这个要有
    30 np.savetxt("param_values.txt", param_values)# 将参数变化保存,其实是各参数范围内的sobol抽样
    31 
    32 ##  计算Y
    33 # #1-自定义-1
    34 # Y = np.zeros([param_values.shape[0]])
    35 # A = 7
    36 # B = 0.1
    37 # for i, X in enumerate(param_values):
    38 #     Y[i] = math.sin(X[0]) + A * math.pow(math.sin(X[1]), 2) + 
    39 #             B * math.pow(X[2], 4) * math.sin(X[0])
    40 
    41 #1-自定义-2
    42 Y = np.zeros([param_values.shape[0]])
    43 for i, X in enumerate(param_values):
    44     tarr=np.arange(-5,6,1);
    45     yerror=0.0;
    46     for t in tarr:
    47         ylab=2*t**2+3*t+4;
    48         ytheory=X[0]*t**2+X[1]*t+X[2];
    49         yerror=yerror+(ylab-ytheory)**2;
    50 
    51     Y[i] = math.sqrt(yerror);
    52 
    53 # 2-load计算好的txt
    54 # Y = np.loadtxt("outputs.txt", float)
    55 
    56 # 3-SALib自带测试函数
    57 # Y = Ishigami.evaluate(param_values)
    58 ## np.savetxt("outputs.txt", Y)#将因变量变化结果保存
    59 
    60 # Si = sobol.analyze(problem, Y ,print_to_console=True)
    61 Si = morris.analyze(problem, Y ,print_to_console=True)
    62 print()#自动输出S1(单个参数对因变量的影响)、ST(考虑各个变量相互影响)和S2(两两参数之间影响),需有,print_to_console=True
    63 
    64 print("all parameters first-order sensitivity indices   S1:")
    65 print(Si['S1'])# 一阶影响指数
    66 print("all parameters second-order sensitivity indices   S2:")
    67 print(Si['S2'])#二阶影响指数
    68 print("all parameters total  sensitivity indices   ST:")
    69 print(Si['ST'])# 总效应指数
    70 
    71 #绘图 https://zhuanlan.zhihu.com/p/137953265
    72 Si_df = Si.to_df()
    73 barplot(Si_df[0])
    74 plot.show()
    python3.8.1+SALib1.3 use morris
    Parameter S1 S1_conf ST ST_conf
    x1 0.969397 0.072129 0.982232 0.062795
    x2 0.007222 0.008033 0.009680 0.001303
    x3 0.000848 0.009519 0.011699 0.001045

    Parameter_1 Parameter_2 S2 S2_conf
    x1 x2 0.000330 0.087924
    x1 x3 0.010014 0.087743
    x2 x3 -0.000129 0.013700

    all parameters first-order sensitivity indices   S1:
    [9.69397123e-01 7.22243327e-03 8.47690887e-04]
    all parameters second-order sensitivity indices   S2:
    [[        nan  0.00032978  0.01001386]
     [        nan         nan -0.00012935]
     [        nan         nan         nan]]
    all parameters total  sensitivity indices   ST:
    [0.9822323  0.00968001 0.01169928] 
     
    小技巧:
    SALib如果不便于将目标函数写为函数的形式,可以将代码:
    np.savetxt("param_values.txt", param_values)# 将参数变化保存,其实是各参数范围内的sobol抽样
    生成的抽样带入自己的系统,然后根据自己需要生成对应抽样的目标函数,将目标函数放入同目录下的 outputs.txt 文档中,一行一个结果,然后用这个语句代替上面求Y[i]:
    Y = np.loadtxt("outputs.txt", float)

    就是说提供了参数变化以及目标函数变化,用SALib就可以求参数灵敏度了。

     

     总结:

    matlab我用的sobol生成的抽样和别人的不一样,不知道为什么,这个是造成与python计算不一样的一个原因吧。但差别不大。

    灵敏度分析的概念在此处没有详细讲,可以参考:https://en.wikipedia.org/wiki/Variance-based_sensitivity_analysis

     

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