WebApplication编程模型的优点：
●网站编译速度快，使用了增量编译模式，仅仅只有文件被修改后，这部分才会被增量编译进去。
●生成的程序集
WebSite：生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
WebApplication：可以指定网站项目生成单一程序集，因为是独立的程序集，所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信息
●可以将网站拆分成多个项目以方便管理
●可以从项目中和源代码管理中排除一个文件
●支持VSTS的Team Build方便每日构建
●更强大的代码检查功能，并且检查策略受源代码控制
●可以对编译前后进行自己规定的处理
●对App_GlobalResources 的Resource强类支持（网上说的，还没有了解过）
●直接升级使用VS2003构建的大型系统
WebSite编程模型的优点：
●动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点（主要优势）
●同上，可以使错误的部分和使用的部分不相干扰（可以要求只有编译通过才能签入）
●可以每个页面生成一个程序集（不会采用这种方式）
●可以把一个目录当做一个Web应用来处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件（无所谓，只适合小站点）
●可以把页面也编译到程序集中（应该用不到，而且WebApplication也可以通过WebDeployment插件来实现）
两种编程模型的互相转换：
VS2005 SP1内置了转换程序，可以非常方便的从WebSite转换到WebApplication
只需要复制文件，右键执行“转换为Web应用程序”即可。
未查到有专门的反向转换工具，但比较后发现如果转换也非常简单。
删除所有*.designer.cs
将*.aspx、*.ascx、*.master页面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替换成 CodeFile="FileList.aspx.cs"
上面的是抄的，我比较了下还有。
直接建立网站，没有命名空间，有几个特殊文件夹如App_code文件夹不能直接在网站项目里建立，但可以手动添加然后包含到项目里面来。