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  • single RNA -- single-nuclei RNA seq

    参考:

    http://www.bio-chain.com/news/html/?59.html

    http://www.bio-star.cn/news/%E6%88%91%E6%98%AF%E7%BB%86%E8%83%9E%E6%A0%B8%EF%BC%8C%E6%88%91%E4%B8%BA%E6%95%B4%E4%B8%AA%E7%BB%86%E8%83%9E%E4%BB%A3%E8%A8%80-39.html

    在一篇发表于《RAPID COMMUNICATION》的“单细胞核RNA测序比单细胞RNA测序可以发现更多小鼠肾脏纤维细胞稀少的细胞类型和未知的细胞状态”文章中提到,采用 DropSeq,DroNc-seq和10xChromium平台(平台差异详见Comparative Analysis of Droplet-Based Ultra-High-Throughput Single-Cell RNA-Seq Systems)分别进行单细胞和单细胞核转录组分析,比较不同的样品类型对单细胞结果产生的影响。

    作者还优化了一个冻存组织的细胞核提取流程(有需要的老师可以参考)。然后,将样品在 DropSeq平台,DroNc-seq和10x平台上样品分别进行单细胞和单细胞核实验。结果发现,尽管DropSeq平台检测的单细胞基因数量要比细 胞核检测的多,但是进一步分析单细胞的基因种类,发现线粒体基因大概占比24%,除去线粒体基因后,细胞核的基因数量反而会更多。同时,当每个细胞达到较 高的测序深度时,如30K(10x的3’单细胞平均测序深度是50k),四个结果的基因数量没有太大的变化。

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11955785.html
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