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  • cgdsR 下载TCGA数据

    TCGA 的数据可以在5个组织机构获取,它们都提供了类似的接口来供用户下载数据。

    cgdsR 包是cBioPortal 提供的R包

    http://www.cbioportal.org/rmatlab

    cgds -- Cancer genomic Data Service

    安装 cgdsR

    >install.packages("cgdsR", repos="http://cran.us.r-project.org")

    使用 cgdsR

    library("cgdsr")

    # Create CGDS object

    mycgds = CGDS("http://www.cbioportal.org/")

    # Test the CGDS endpoint URL using a few simple API tests

    test(mycgds)

    # Get list of cancer studies at server 获取有哪些数据集

    getCancerStudies(mycgds)

    # Get available case lists (collection of samples) for a given cancer study 获取样本列表

    mycancerstudy = getCancerStudies(mycgds)[2,1]

    mycaselist = getCaseLists(mycgds,mycancerstudy)[1,1]

    # Get available genetic profiles

    mygeneticprofile = getGeneticProfiles(mycgds,mycancerstudy)[4,1]

    # Get data slices for a specified list of genes, genetic profile and case list

    getProfileData(mycgds,c('BRCA1','BRCA2'),mygeneticprofile,mycaselist)

    # Get clinical data for the case list

    myclinicaldata = getClinicalData(mycgds,mycaselist)

    查看帮助信息

    help("cgdsr")

    help("CGDS")

    http://www.360doc.com/content/18/0511/16/42030643_753139769.shtml

    https://www.jianshu.com/p/9e3ee12280f5

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/0820LL/p/11139591.html
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