https://blog.csdn.net/databatman/article/details/49951853
感谢楼主，找了好久，试了一下楼主的，果然是对的，网上的日志配置都是5.6之前的版本；
对于版本5.6.21 可行
加入：
[mysqld]
#log
#错误日志
log-error=D:/Program Files/mysql-5.6.21-winx64/mysql-log/error_log.err
#全查询日志
log_output=FILE
#不启用的话慢日志查询会存在数据表中
general_log=on
general_log_file=D:/Program Files/mysql-5.6.21-winx64/mysql-log/query.log
#慢查询日志
slow_query_log=on
long_query_time =2
#慢于2秒的会被记录
slow_query_log_file=D:/Program Files/mysql-5.6.21-winx64/mysql-log/slowquery.log
#二进制日志配置，第二、三行配置最后一个binlog-bin和binlog是不加后缀的文件名，不加后缀的话有妙用
server-id=1
log_bin=D:/Program Files/mysql-5.6.21-winx64/mysql-log/binlog
log_bin_index=D:/Program Files/mysql-5.6.21-winx64/mysql-log/binlog-index
#log-bin = "D:/Program Files/mysql-5.6.21-winx64/mysql-log/logbin.log" #为5.6 之前的版本配置形式
#log-error = D:/Program Files/mysql-5.6.21-winx64/mysql-log/error_log.err #为5.6 之前的版本配置形式
basedir=D:Program Filesmysql-5.6.21-winx64
datadir=D:Program Filesmysql-5.6.21-winx64data
character-set-server=utf8