在NIOS II用命令来下载程序比GUI快很多，在GUI下载程序NIOS II还要重新编译，要等好几分钟。我们可以直接敲入命令，下载快得多，玩过Linux的人一看就懂了。
在NIOS II工程名上点击右键，选中NIOS II / NIOS II Command Shell进入命令系统，和Linux一样的用
我们可以看到类似Linux的命令终端
我们输入Linux命令pwd，看看现在的路径在哪里
可以看到我们的现在位于工程文件夹DE2_VGA_Both_Buffer里面software/first中，再输入ls，看看里面有几个文件
一、测试JTAG是否连接好，输入jtagconfig -n
显示USB-Blaster已连接好，器件为EP2C35，器件ID为020B40DD，JTAG的接入点为19104600
二、下载.sof(SRAM Object File)到FPGA的话，我们要进入Quartus II的工程文件，输入两次cd ..即可
再输入nios2-configure-sof下载sof配置文件到FPGA
我们可以看到下载成功！
三、如果下载NIOS II程序的话，我们还得进入刚才Quartus II工程文件里面的software/first(NIOS II 软件工程名)里面
我们直接输入cd software/first，再输入nios2-download -g first.elf即可下载
瞧，0.1s下载成功……
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NIOS II Command shell 可以输入<name of tool> --help查看帮助。
niosII IDE命令行工具：
nios2-create-system-library 创建一个新的系统库项目
nios2-create-application-project 创建一个新的C/C++应用项目
nios2-build-project 创建或者更新makefile文件，并根据makefile文件编译项目（只适用于由IDE自动创建和管理的makefile文件项目）
nios2-import-project 导入一个已经创建的NIOSII IDE项目到当前的workspace。
nios2-delete-project 将一个项目从nios II IDE的当前workspace移走，并选择性的从文件系统中删除相关文件。
nios2-download 将代码下载到目标处理器以供调试和运行。
nios2-flash-programmer 将数据烧写到目标板上的flash。
nios2-gdb-server 翻译GNU调试器（GDB）远程串行协议包并通过TCP传输给目标NIOS II处理器的JTAG模块。
nios2-terminal 负责NIOSII IDE与目标处理器上的JTAG模块之间的通信。
validate_zip 验证指定的zip文件是否与read-only zip file system（P21）兼容。
nios2-debug 将程序下载到目标处理器并运行debugger。
nios2-console 打开FS2的命令接口并建立与NIOSII处理器之间的通信，如果为其提供srec文件，那么该文件会被下载到目标处理器。FS2是与NIOSII IDE绑定的一个第三方软件调试工具，能提供强大的调试功能。
nios2-configure-sof 负责配置FPGA。如果没有指定sof文件，它将自己在当前目录或者ptf文件所在目录搜索适合的sof文件。
文件传换工具：
bin2flash 将binary文件转换为.flash文件，以提供Flash programmer（P13）使用。
elf2dat 将.elf可执行文件转换为适合于verilog HDL硬件模拟器的.dat文件。
elf2flash 将.elf可执行文件转换为.flash文件
elf2hex 将.elf可执行文件转换为intel的.hex文件格式。
elf2mem 将根据给定的.elf和.ptf文件生成给定的NIOSII系统上的存储设备的内容文件。
elf2mif 将.elf可执行文件转换为Quartus II的存储初始化文件.mif
flash2dat 将.flash文件转换为适合于Verilog HDL硬件模拟器的.dat文件。
mk-nios2-signaltap-mnemonic-table 将根据给定的.elf和.ptf文件生成供Altera-signaltapII逻辑分析器使用的包含NIOSII指令和符号的助记符表的.stp文件。
sof2flash 将FPGA配置文件.sof转换为.flash文件。
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