手动去除doublet是很有必要的一步,别太相信软件。另测序的时候千万别贪多,一个样本细胞数别超过1万,不然doublet可能多得惊人。我问过公司专业人士,一个样本测两万细胞,doublet可能有20%。
我在我写的“单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据”中提到了这个问题,感兴趣的话可以看一下。
因水平有限,有错误的地方,欢迎批评指正!