MySQL的存储引擎种类很多，有MyISAM、InnoDB、Archive、Blackhole、CSV、Memory、Merge、NDB等。以下主要介绍MyISAM和InnoDB。
MyISAM
在MySQL 5.1之前的版本，MyISAM是默认的存储引擎。MyISAM提供了大量的特性，包括全文索引、压缩、空间函数（GIS）等，但MyISAM不支持事务、不支持外键、不支持行级锁（仅支持表级锁）。特点是访问速度快，对事务完整性没有要求。以select、insert为主的应用基本上都可以用这个引擎来创建表。MyISAM类型的表可能会损坏，原因可能多种多样。可以通过check table语句检查MyISAM表的健康，并用repair table语句修复一个损坏的MyISAM表。
MyISAM表磁盘上存储成3个文件，其中文件名和表名一致，但扩展名分别是：
.frm(存储表定义)
.MYD(MyData，存储数据)
.MYI(MyIndex，存储索引)
MyISAM特性是：
1.加锁与并发：对整张表加锁，而不是针对行。读取时会对需要读到的所有表加共享锁，写入时则对表加排它锁。但是在表有读取查询的同时，也可以往表中插入新的记录（这被称为并发插入）；
2.为保证效率，不支持事务处理；
3.count(*)时效率高，不用遍历全表，原因是该引擎会记录行数；
4.非聚簇索引，支持全文索引，索引数据和表数据分开存储；
InnoDB
支持事务，具有提交、回滚和崩溃恢复能力。默认行级锁，是基于聚簇索引建立的。聚簇索引对主键查询有很高的性能。不过它的二级索引中必须包含主键列，所以如果主键很大的话，其他索引都会很大。存储格式是平台独立的，可以将数据和索引文件复制到其他平台。
InnoDB存储方式：
1.使用共享表空间存储，这种创建的表，表结构数据保存在.frm文件中，数据和索引数据保存在innodb_data_home_dir和innodb_data_file_path定义的表中间，可以是多个文件；
2.使用多表空间存储，这种方式创建的表，表结构数据仍然存在.frm文件中，但是每个表的数据和索引单独保存在.ibd中，如果是个分区表，则每个分区对应单独的.ibd中，文件名是“表名+分区名”，可以在创建分区的时候指定每个分区的数据文件位置，以此来将表的IO均匀分布在多个磁盘中；
InnoDB特性是：
1.事务安全；
2.行级锁，为承受高并发增加了竞争力；
3.count(*)时效率低，遍历表计算数量；
4.聚簇索引，主键默认为聚簇索引，没有主键时以第一列为聚簇索引，普通索引指向聚簇索引；
5.支持主键、外键。