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  • GWAS群体分层校正,该选用多少个PCA

    前言

    关于选用多少个PCA做群体分层校正,各大期刊并没有一个统一的说法。 故做了如下综述。

    1 随心所欲型,想选多少就选多少

    PCA想选多少就选多少,这个真的不是开玩笑。有文献出处有真相!

    比如下面文献直接选用10个PCA校正群体分层。

    Largest GWAS of PTSD (N=20070) yields genetic overlap with schizophrenia and sex differences in heritability

    比如选用前5个主成分校正群体分层。

    Accounting for Population Stratification in Practice: A Comparison of the Main Strategies Dedicated to Genome-Wide Association Studies

    比如选用前3个主成分校正群体分层。

    GWAS identifies novel SLE susceptibility genes and explains the association of the HLA region

    比如选用前2个主成分校正群体分层。

    GWAS analysis of suicide attempt in schizophrenia: Main genetic effect and interaction with early life trauma

    2 通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分

    通过EIGENSTRAT软件计算主成分

    计算各个主成分是否有显著的统计学意义

    将P值小于0.05的主成分纳入群体分层校正中。

    如下图所示,主成分1和2是显著影响群体结构的(P<0.05),做关联分析时需要纳入协变量中

    此类做法参考文献:

    GWAS Identifies Novel Susceptibility Loci on 6p21.32 and 21q21.3 for Hepatocellular Carcinoma in Chronic Hepatitis B Virus Carriers

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/10778374.html
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