1、下载安装bedtools；
2、生成bed文件；标准的bed文件格式如下：
chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0
chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0
chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0
chr7 127474697 127475864 Pos4 0 + 127474697 127475864 255,0,0如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话，也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下：
chr7 127471196 127472363
chr7 127472363 127473530
chr7 127473530 127474697
chr7 127474697 127475864 3、提取多个位置的vcf文件；
bedtools intersect -a myfile.vcf.gz -b mutil-region.bed -header > output.vcf