注：该问题已解决，详见终于解决“百年一遇”奇怪问题。
问题原因
经过昨天一天的奋战，终于在吃晚饭前找到了"百年一遇"奇怪问题的原因。（问题详情见前一篇博文：百年一遇的奇怪问题：当IE遇上.NET Framework 4.5）
问题原因是：当服务器安装了 .NET Framework 4.5 之后，在IE中，如果 ASP.NET MVC 处理的 ajax 请求未执行完成时，连接被中断（比如F5刷新浏览器），接下来的请求就会被卡住。
问题验证
用 IE 访问闪存（http://home.cnblogs.com/ing/），按 F12 打开开发者工具，等所有 ajax 请求执行完成再刷新浏览器，问题就不会出现。
我们在测试环境中，取消所有 ajax 请求，问题就不会出现。
问题分析
为什么 ajax 请求被中断后会出现这个问题？
我的猜测是：ajax 请求被中断后，服务器端 ASP.NET Runtime 处理该请求的线程继续保留着（可能在刷新时， IE 继续保持着连接），接下来的请求继续由这个线程处理，于是卡住。所以，重启 IE 问题会消失就是因为这时 IE 发起了新的连接，服务器端用新的线程进行处理，这同时也解释了第一次请求总是不会出现问题。
下面针对前一篇博文中问题的五个奇怪之处逐一进行分析：
1、“问题奇怪之一：服务器是微软的 ASP.NET 环境，出问题的不是其他浏览器，而是微软自己的 IE 浏览器。”
猜测：在刷新时，IE 可能与其他浏览器的处理方式不一样，IE 会继续保持着同一个 HTTP 连接。服务器端 ASP.NET Runtime 对这个连接使用之前为之服务的一个线程处理（可能是 .NET Framework 4.5 的一个改变）。
2、“问题奇怪之二：IE 第一次请求不会出现问题，问题只出现在后续请求中。”
因为问题只会在 ajax 请求被中断后的请求中出现。
3、“问题奇怪之三：同一台服务器，有多个站点，只有这一个站点会出现这个问题。同一个站点（home.cnblogs.com），只有主页与闪存相关页面会出现这个问题。”
出现问题的页有个特征 —— ajax 请求特别多，问题可能与 ajax 请求的数量有关。
4、“问题奇怪之四：WebForms 与 MVC 都会出现这个问题。”
问题在服务器端 ASP.NET Runtime 处理该请求的线程，所以与是 WebForms 还是 MVC 无关。
5、“问题奇怪之五：在 Global.asax 中取消所有 MVC 的路由注册（routes.MapRoute），问题就消失。”
由于 ajax 请求是由 MVC 处理的，取消 MVC 的路由注册也就不存在 ajax 请求被中断的情况。
继续奋战
进一步的原因以及解决方案还要继续努力研究。。。
最新进展
将 ajax 请求的处理由 MVC 改为 Web Service(.asmx) 之后，问题不再出现。由此可见，与浏览器、与 js 一点关系没有。