1.
WebApplication（Web应用程序）和WebSite（网站）的区别：WebSite是为了兼容从ASP转过来的开发人员的习惯而存在的，用
起来简单，例如：不需要创建命名控件、C#代码修改以后不需要重启就能看到变化（无论是WebSite还是WebApplication，修改aspx都
不需要重启），但不利于工程化开发，比如代码出错不容易发现，代码不分命名空间。开发技术上没有任何区别，只是开发、调试习惯不同而已。
2. 讲简单基础知识时用WebSite，因为不需要重启；讲高级技术和做项目时用WebApplication。
WebApplication每次修改以后点击【生成解决方案】也能立即看到修改效果，不需要重启浏览器。原理：生成以后才将变化的部分生成到dll，而WebSite则每次访问页面的时候会检查cs是否变了，变了则自动重新编译，所以每次修改以后立即有效果。
WebApplication编程模型的优点：
●网站编译速度快，使用了增量编译模式，仅仅只有文件被修改后，这部分才会被增量编译进去。
●生成的程序集
WebSite：生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
WebApplication：可以指定网站项目生成单一程序集，因为是独立的程序集，所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信息
●可以将网站拆分成多个项目以方便管理
●可以从项目中和源代码管理中排除一个文件
●支持VSTS的Team Build方便每日构建
●更强大的代码检查功能，并且检查策略受源代码控制
●可以对编译前后进行自己规定的处理
●对App_GlobalResources 的Resource强类支持
●直接升级使用VS2003构建的大型系统
WebSite编程模型的优点：
●动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点(主要优势)
●同上，可以使错误的部分和使用的部分不相干扰
●可以每个页面生成一个程序集
●可以把一个目录当做一个Web应用来处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件
●可以把页面也编译到程序集中
两种编程模型的互相转换：
VS2005 SP1内置了转换程序，可以非常方便的从WebSite转换到WebApplication
只需要复制文件，右键执行“转换为Web应用程序”即可。
未查到有专门的反向转换工具，但比较后发现如果转换也非常简单。
*.designer.cs *.aspx *.ascx *.master
删除所有*.designer.cs 将*.aspx、*.ascx、*.master页面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替换成 CodeFile="FileList.aspx.cs"
总之，大网站比较适合用WebApplication项目，小网站比较适合用WebSite项目。
源地址：http://hi.baidu.com/sonmeika/blog/item/93487fafab2bfde5fbed50e8.html