3GP/MP4都是文件容器。
不同:3GP是通信公司制定的规范 主要用在手机上这种移动通讯设备上，所以对文件内包含的音视频编码格式定义的非常死.这样手机只要支持固定的几种codec就可以放3gp文件。
MP4是ISO14496-14，主要是给计算机上用的，不是特定给手机设计的。里面使用类似FOURCC的方式(没深入研究过，不确定)来定义音视频编码方式，因此里面音视频流可以是任意的编码，需要装相应的codec才可以播放。所以能播放3gp的手机不能播所有的mp4。所以主要区别就是因为制定规范的组织不同，所以代表了各自组织的利益。其实所有的规范制定时候都是这样的。可以认为3GP是MP4格式的一种简化版本，减少了储存空间和较低的频宽需求，让手机上有限的储存空间可以使用。
3GP和MP4多是文件格式容器，都是符合ISO BASEMEDIA FORMAT,不过里面的box类型和字段值存在略微的差别，他们默认使用的audio/vidoe codec 不同，3GP默认是和H263，AMR-NB/WB,MP4默认是H264/MPEG4,AAC/MP3等，但是理论上可以是任何audio/vidoe codec，通过box里面的FOURCC来识别。
http://topic.csdn.net/u/20071127/12/5b3fbed5-2b3e-467f-9a75-e8d9859089a0.html