java project是java工程，不包括JSP等前台页面的代码 大部分是CS结构的工程和一些jar包
web project是web工程，是BS结构的系统 web project部署到服务器上
任何用户都可以通过浏览器来访问 就想你访问的百度这个网站一样
1、当你是web应用时，比如说要建个网站，需要发布到服务器时，应该要建Web Project
2、当你是做分布式系统时，也就是你做的只是一个服务，对外发布也只是一个服务的时候，需要建立Web Services Project(不理解可以先研究下webservices)
3、当你仅仅是需要JDK来运行一些本地代码的时候，只需要建Java Project就可以啦饿
想必大家在使用MyEclipse时对这两个概念不去深究。只知道是Java EE类的基本都是Web项目，而Java应用程序就是Java项目。而且很多人都愿意使用MyEclipse作为开发工具，且不说大家费尽心思去破解这个东西，而且那么多插件在启动时的加载速度和内存占用，你甘心这么玩嘛？不甘心？继续阅读本文！无所谓，您可以去做点其他事情不要浪费时间在这里。当然本文不去解释如何优化MyEclipse，相关说明大家更可以Google一下。
本人使用Classic Eclipse+所需插件(如WTP，SVN)+Tomcat6构建的开发环境，不仅插件按需安装，而且运行速度快，占用内存小。
现在只是说说Java Project和Web Project，那么二者有区别么？回答：没有！都是Java语言的应用，只是应用场合不同罢了，那么他们的本质到底是什么？回答：编译后路径！虚拟机执行的是class文件而不是java文件，那么我们不管是何种项目都是写的java文件，怎么就不一样了呢？分成java和web两种了呢？
从.classpath文件入手来看，这个文件在每个项目目录下都是存在的，很少有人打开看吧，那么我们就来一起看吧。这是一个XML文件，使用文本编辑器打开即可。
这里展示一个web项目的.classpath，当然高手一眼就可以看出其作用了
Xml代码
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<classpath>
<classpathentry kind="src" path="src"/>
<classpathentry kind="src" path="resources"/>
<classpathentry kind="src" path="test"/>
<classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/servlet-api.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="webapp/WEB-INF/lib/struts2-core-2.1.8.1.jar"/>
……
<classpathentry kind="output" path="webapp/WEB-INF/classes"/>
</classpath>
XML文档包含一个根元素，就是classpath，类路径，那么这里面包含了什么信息呢？子元素是classpathentry，kind属性区别了种类信息，src源码，con你看看后面的path就知道是JRE容器的信息。lib是项目依赖的第三方类库，output是src编译后的位置。
既然是web项目，那么就是WEB-INF/classes目录，可能用MyEclipse的同学会说他们那里是WebRoot或者是WebContext而不是webapp，有区别么？回答：完全没有！
既然看到了编译路径的本来面目后，还区分什么java项目和web项目么？回答:不区分！普通的java 项目你这样写就行了：<classpathentry kind="output" path="bin"/>，看看Eclipse是不是这样生成的？这个问题解决了吧。
再说说webapp目录命名的问题，这个无所谓啊，web项目是要发布到服务器上的对吧，那么服务器读取的是类文件和页面文件吧，它不管源文件，它也无法去理解源文件。那么webapp目录的命名有何关系呢？只要让服务器找到不就行了。
希望对学习者有所帮助。当然IDE的选择完全是个人偏好，只是明白了本质能有更好的选择。