我的电脑：Fedora－19
$ uname -a
Linux localhost.localdomain 3.11.10-200.fc19.i686 #1 SMP Mon Dec 2 20:48:22 UTC 2013 i686 i686 i386 GNU/Linux
使用xmodmap工具进行修改，使用man xmodmap，里面就有交换按键caplock（大小写切换键）和右ctrl键的例子，
如果您的修改不同，可以做相应的替换即可。我就是参考这个例子对我的右Alt键和Ctrl键进行修改的。
下面先看man自带的例子
!
! Swap Caps_Lock and Control_L
!
remove Lock = Caps_Lock
remove Control = Control_L
keysym Control_L = Caps_Lock
keysym Caps_Lock = Control_L
add Lock = Caps_Lock
add Control = Control_L
将上面的语句写入文件，例如keymaprc，然后xmodmap keymaprc即可生效，
因为这个是交换键的功能，如果您执行第二次的话，按键就又会恢复回来的。
注意：这个修改只对当前有效，电脑重启会失效，得重新输入命令。
下面是我自己的修改，把keymaprc命名为隐藏文件: .keymaprc，放在$HOME目录下。
$ cat ~/.keymaprc
remove Control = Control_R
remove mod1 = Alt_R
keysym Control_R = Alt_R
keysym Alt_R = Control_R
add Control = Control_R
add mod1 = Alt_R
然后执行 $ xmodmap ~/.keymaprc
这样就生效了
为了更加修改按键，不想很次都输入xmodmap ~/.keymaprc这么长的命令，可以将命令写入文本，放到$PATH路径下，下面是我的做法
$ touch swkey
$ echo "xmodmap ~/.keymaprc" > swkey
$ chmod +x swkey
$ sudo mv swkey /usr/bin
$ swkey #现在想交换两个按键就直接输入这个命令,无论在什么路径下都可以，也不用记文件路径，会比较方便
备注：
alt对就MODIFIERNAME为mod1，可以在man文档中找到其他的MODIFIERNAME，也可以直接xmodmap查看，window键应该对应mod4
$ xmodmap
xmodmap: up to 4 keys per modifier, (keycodes in parentheses):
shift Shift_L (0x32), Shift_R (0x3e)
lock Caps_Lock (0x42)
control Control_L (0x25), Control_R (0x69)
mod1 Alt_L (0x40), Alt_R (0x6c), Meta_L (0xcd)
mod2 Num_Lock (0x4d)
mod3
mod4 Super_L (0x85), Super_R (0x86), Super_L (0xce), Hyper_L (0xcf)
mod5 ISO_Level3_Shift (0x5c), Mode_switch (0xcb)