在 alter table 时，必然出现了 lock 错误，检查 processlist ，全都是 sleep 状态，然后检查 information_schema.innodb_trx 发现一个活跃状态的连接，于是推测有一个程序执行时，session 没有释放就结束了，从而引发该问题。
进一步发现，使用 flask/sqlalchemy 时，程序异常退出并没有自动释放 session，于是做了全局的异常捕获，然后释放 session，至此问题解决。