R语言实现单因素方差分析带字母的显著性标记

这篇文章不是我写的，至少代码不是：

原作者网站：r 语言快速出图——单因素方差带字母显著性标记 - 简书 (jianshu.com)

我只是把我需要的部分扒了下来

我的数据形式：

 然后保存了txt格式

代码如下：（原作者注释已经写的很清楚了）

#加载我的工作目录
setwd("C:/Users/lbzzj/Desktop")
#读取数据，换成自己的文件名即可
data <- read.table("株高.txt",sep=" ",header=TRUE)
#这一句的意思是：将你的分组信息转化为factor，不然软件在运算过程种识别不了
data$物种组合 <- as.factor(data$物种组合)
#查看导入表格中发病率这一列的数据类型
class(data$物种组合)
#这里出现 factor 就可以下一步了

#方差齐性检验
#法1bartlett.test
nom <- bartlett.test(data$株高~data$物种组合,data = data)
nom

#法2
install.packages("car")
library(car)
nom1<-leveneTest(data$株高~data$物种组合,data = data)
nom1
#最后两个的p.value大于0.05 说明方差是齐性，可以进行下一步分析

#####单因素方差分析，整体来看差异显著
oneway<-aov(data$株高~data$物种组合,data = data)
anova(oneway)

#多重比较
# LSD法（Fisher’s Least Significant Difference）
# LSD法检验处微小的差异，比较方便的是直接得出显著行标记，不需人工标记
install.packages("agricolae")
library("agricolae")
out <- LSD.test(oneway,"data$物种组合",p.adj="none")
out

#整理绘图需要的表格
mar<-out$groups
rownamemar<-row.names(mar)
newmar<-data.frame(rownamemar,mar$`data$株高`,mar$groups)
sort<-newmar[order(newmar$rownamemar),]
# 将groups的数据框按列名排序，目的是保持与均值标准差的数据一一对应
rowname<-row.names(out$means)
mean<-out$means[,1]
sd<-out$means[,2]
marker<-sort$mar.groups
plotdata<-data.frame(rowname,mean,sd,marker)
plotdata

可视化
install.packages("ggplot2")
library("ggplot2")
p1<-ggplot(plotdata,aes(x=factor(rowname),y=mean))+geom_bar(position=position_dodge(0.6),width = 0.5,stat = "identity")
p1
p2<-p1+geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd,ymax=mean+sd),position=position_dodge(0.6),width=0.2)
p3<-p2+geom_text(aes(x=factor(rowname),y=mean+sd+2.0,label=marker),size=3,position= position_dodge(0.6))
p3
p4<-p3+xlab("物种组合")+ylab("株高(cm)")
p4
p5<-p4+coord_cartesian(ylim= c(0,50),expand = FALSE)
p5
#更改y轴显示范围，这里的expand默认为TRUE
mytheme<-theme_bw()+theme(axis.title =element_text(size = 12),
axis.text =element_text(size=12),
panel.grid.major =element_line(color ="white"),
panel.grid.minor =element_line(colour = "white"),
axis.text.x =element_text(size = 12,angle=0,vjust=0,hjust=0,color = "black"),
axis.text.y =element_text(size = 12,color ="black"),)
p5+mytheme