GATK --- wdl 语言

GATK的pipeline使用WDL进行编写

WDL是一种流程管理语言，内置的支持并行，适合编写pipeline

运行wdl脚本需要两步：第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行Cromwell.jar

eg

workflow helloWorld{
    call myTask;
}

task myTask{
    commond{
        echo "hello world"
    }
    
    output {
        String out = read_string(stdout())
    }
}

对于一个WDL脚本，有5个核心结构：

1，workflow

2, task：代表任务，读取输入文件，执行相应的commond，然后输出output。task中可以有参数。

3， call

4， commond

5， output

一个脚本包括1个workflow，一个workflow由多个task构成，并在workflow中通过call调用。每个task在workflow代码块之外单独定义。包括多个commond

如：task中的参数：

task task_1{
    File ref
    File in
    String id
       
    commond{
        do_stuff R = ${ref} I=${in} O=${id}.ext
    }
    
    output{
        File out = "${id}.ext"
    }
}

workflow 中的参数，传递参数给task时，直接传变量名

task 之间具有多种关系。理论上每个task 只可以调用1次，若调用多次，需要借助task alias。例如：

workflow taskAlias{
    File firstInput
    File secondInput
    call stepA as firstSample { 
        input: in=firstInput
    }
    call stepA as secondSample{
        input: in = secondInput
    }
    call stepB{input: in=firstSample.out}
    call stepC{input: in=secondSample.out}
}

task stepA{
    File in
    commond{ programA I=${in} O=outputA.ext}
    output{File out="outputA.ext"}
}

task stepB{
    File in
    commond{ programA I=${in} O=outputB.ext}
    output{File out="outputB.ext"}
}

task stepA{
    File in
    commond{ programA I=${in} O=outputC.ext}
    output{File out="outputC.ext"}
}

运行WDL脚本，需要：

1，cromwell.jar

2，womtools.jar

第一步是得到输入的参数列表：用json格式存储，这一步知识一个模板，需要编辑这个文件，将对应的参数替换成实际需要的参数

java -jar womtools.jar inputs myWorkflow.wdl > myWorkflow_inputs.json

第二步，运行脚本

java -jar Cromwell.jar run myWorkflow.wdl -inputs myWorkflow_inputs.json

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