两者有个比较实质性的差异是，ntpd在实际同步时间时是一点点的校准过来时间的，最终把时间慢慢的校正对。而ntpdate不会考虑其他程序是否会阵痛，直接调整时间.一个是校准，一个是调整。另外ntpd 在和时间服务器的同步过程中，会把 BIOS 计时器的振荡频率偏差——或者说 Local Clock 的自然漂移(drift)——记录下来。这样即使网络有问题，本机仍然能维持一个相当精确的走时。
使用ntpd还需要考虑到一个细节是，如果client与server时差异常大或过小，ntpd将会拒绝server参考时间。 另外还有个未经证实的经验，在服务器压力特别大的情况下，ntpdate会把时间对错，比如变成1970-1-1.引用
一般来讲，尽量使用ntpd代替ntpdate来同步时间，尽管ntpdate有如此诟病（甚至一些童鞋喊出不招聘或者裁掉用ntpdate代替ntpd的懒人:)），但是在某些情况下还是可以考虑ntpdate的：
对时间精度要求不高的情况
服务器重启后，ntpd未启动之前，先使用ntpdate调整时间，再启用ntpd（注意ntpd和ntpdate用一个商品123，启用nptd后，无法再使用ntpdate）
用ntpdate调整时间的方式，会有几个非常明显的问题：
1. 这样做不安全。ntpdate的设置依赖于ntp服务器的安全性，攻击者可以利用一些软件设计上的缺陷，拿下ntp服务器并令与其同步的服务器执行某些消耗性的任务。由于ntpdate采用的方式是跳变，跟随它的服务器无法知道是否发生了异常（时间不一样的时候，唯一的办法是以服务器为准）。
2. 这样做不精确。一旦ntp服务器宕机，跟随它的服务器也就会无法同步时间。与此不同，ntpd不仅能够校准计算机的时间，而且能够校准计算机的时钟。
3. 这样做不够优雅。由于ntpdate是跳变，而不是使时间变快或变慢，依赖时序的程序会出错。例如，如果ntpdate发现你的时间快了，则可能会经历两个相同的时刻，对某些应用而言，这是致命的。
许多应用程序依赖连续的时钟，取得的时间是线性的。例如数据库事务，通常会地依赖这样的事实：时间不会往回跳跃。 我们可以想象以下，假如Oracle服务器的时间是01:00 AM,标准时间是00:30 AM,很明显Oracle服务器经过他自己的时间00:40 AM。假若此时直接使用ntpdate将服务器与标准时间同步，那么意味着Oracle服务器将在同一天经过两个00:40 AM,这对于某些计划任务来说可能是致命的。
因而，唯一一个可以令时间发生跳变的点，是计算机刚刚启动，但还没有启动很多服务的那个时候。其余的时候，理想的做法是使用ntpd来校准时钟，而不是调整计算机时钟上的时间。