二级域名可以被当作独立于主域名的一个网站，而且有自己的收录，快照等；
一级目录是在主域名之下的，是主站的一部分，可以为主站增加内容，提高主站的权重。
如果你想主站有好的排名，最好是用一级目录建一个论坛或者博客，并将论坛或博客的内容调到主页面显示，这样可以丰富主站的内容，特别是论坛，可以增加用户访问网站的时间，“迷惑”搜索引擎误认为网站的内容很吸引用户，有利于网站权重的提升。这也有一个重要的思想在里面，就是站内站。
站内站就是在主站的一级目录下安装一个程序，可以跟主站程序相同，也可以不同。站内站不仅可以扩宽网站的内容，也为网站提供了大量相关内容，增加大量外链，有利于收录数量的增加和权重的提升。网站的规模也相应扩大了。
区别：
从长远来看，二级域名的权重要比一级目录的权重要高很多。但搜索引擎会把二级域名当成是一个新站点来看待，所以二级域名会经历新域名的考验，而且会分散主站权重，而一级目录就是将权重都集中到主域名上面，增加主域名的收录量，提升权重。
优化：
对于大热门的关键词，二级域名有排名优势。对于普通的关键词，则使用网站二级目录来优化会更加合理。什么样的关键词使用什么样的URL来优化，这对于SEO来说是很有讲究的。并不是什么URL权重高就使用哪个，这很容易造成优化过度的问题。
选择:
如果有一些SEOer不知道什么情况下是应该选择二级域名，什么情况下应该选择一级目录，这其实很好办。你可以把你的目标关键词在搜索引擎中搜索，如果
搜索出来的结果大部分是顶级域名或者是二级域名的话，你可以考虑使用二级域名。如果搜索出来的结果是一些深层目录或者页面，你可以考虑使用一级目录。