债券结算方式是指在债券结算业务中，债券的所有权转移或权利质押与相应结算款项的交收这两者执行过程中的不同制约形式。中央债券簿记系统中所设计的结算方式有：纯券过户、见券付款、见款付券、券款对付（DVP）四种。
纯券过户：只用于现券买卖的结算，是指买卖双方要求中央结算公司在结算日办理债券的交割过户时无须通知其资金结算情况的结算方式。国际证券业称这种方式为FOP（Free of Payment），即不以资金结算为条件的债券过户。在结算成员双方信誉比较好又彼此了解的情况下可以选用此方式。选择此结算方式，每一方都不应以未收到对方的券或款为由而不如期履行交付义务。
见券付款：用于现券买卖和封闭式回购首期的结算，是指在结算日买方逆回购方通过债券簿记系统得知卖方正回购方有履行义务所需的足额债券，即向对方划付款项，然后通知中央结算公司办理债券结算的方式。是一种买方逆回购方占主动的结算方式。卖方正回购方在选择此方式时应充分考虑对方的信誉情况。
见款付券：用于现券买卖和封闭式回购到期的结算，是指在结算日卖方逆回购方确认已收到买方正回购方资金后即通知中央结算公司办理债券结算的一种方式。是一种卖方逆回购方占主动的结算方式。在买方对卖方比较信赖的情况下可以采用。
券款对付：是指在结算日债券与资金同步进行结算并互为结算条件的方式，国际证券业称其为DVP(Delivery Versus Payment)。一般需要债券结算系统和资金划拨清算系统对接，同步办理券和款的结算。根据国际同行业经验，债券簿记系统与支付系统连锁运作，同时进行债券和资金的转帐，并配合相应的质押融资融券机制，可实现实时的、高效率的DVP。随着我国大额支付系统建设越来越完善，现在全大部分金融机构都使用券款对付结算方式。