常用的Mysql数据库修复方法有下面3种:
1. mysql原生SQL命令: repair
即执行REPAIR TABLE SQL语句
语法：REPAIR TABLE tablename[,tablename1...] [options]
示例: mysql> use database xxx;
mysql> repair table *;
2.使用MySQL自带的客户端工具: myisamchk (无需停止MySql服务)
具体信息可见: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/zh/client-side-scripts.html#mysqlcheck
有3种方式来调用mysqlcheck：
shell> mysqlcheck[options] db_name [tables]
shell> mysqlcheck[options] ---database DB1 [DB2 DB3...]
shell> mysqlcheck[options] --all--database
示例:
自动检查并修复数据库xxxdatabase的所有表:
shell> mysqlcheck --auto-repiar xxxdatabase -uroot -p
3.使用MySQL自带的客户端工具: myisamchk (需要停止MySql服务)
较少使用, 如果想了解详细, 请见Mysql官方文档.
如何修复MySQL数据库(MyISAM / InnoDB)
本文总结了7种修复MySQL数据库的方法，当我们重启数据库无法解决问题或者有数据表损坏时，可以尝试从下面列出的方法中找出相应的解决方案。
重启MySQL：
/usr/local/mysql/bin/mysqladmin -uUSERNAME -pPASSWORD shutdown /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe &
1.MyISAM表损坏
MySQL数据库可以为不同的数据表指定不同的存储引擎，其中最流行的两种存储引擎是MyISAM和InnoDB。
MyISAM类型的表容易损坏，这是个不争的事实。幸运的是，在大多数情况下，MyISAM表损坏是很容易修复。
要修复单个损坏的数据表，可以连接数据库执行 ：
repair TABLENAME
要修复所有的表，执行如下命令：
/usr/local/mysql/bin/mysqlcheck --all-databases -uUSERNAME -pPASSWORD -r
很多时候，我们不会知道MyISAM表已经损坏了，除非查看了日志文件。
我强烈建议您将此行添加到你的/etc/my.cnf配置文件中， 它会自动修复损坏的MyISAM表。
[mysqld]
myisam-recover=backup,force
2.多个MySQL实例
这种情况很常见，当你启动MySQL时，MySQL进程马上死掉。这时若查看MySQL日志，会发现这是因为有另一个MySQL进程正在运行。
停止所有的MySQL实例
/usr/local/mysql/bin/mysqladmin -uUSERNAME -pPASSWORD shutdown
killall mysql
killall mysqld
再启动MySQL后就只有一个MySQL实例运行了。
3.修改MySQL日志设置
一旦我们在运行一个InnoDB的数据库，我们就不能修改/etc/my.cnf文件中的以下几行：
datadir = /usr/local/mysql/data innodb_data_home_dir = /usr/local/mysql/data innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend innodb_log_group_home_dir = /usr/local/mysql/data innodb_log_files_in_group = 2 innodb_log_file_size = 5242880
InnoDB的日志文件的大小一但确定就不能再修改了，否则会造成数据库无法启动。
4.丢失MySQL host表
这种情况我碰到过几次，这可能是一个MyISAM的bug，修复方法如下：
/usr/local/bin/mysql_install_db
5.损坏的MyISAM auto_increment
假如一个MyISAM表中的auto_increment变得紊乱，你将不能向其表中插入新记录。通过将最后一条记录的auto_increment设为-1，可以告诉auto_increment，他现在的工作不正常。
找到最后一条记录的auto_increment的有效值
SELECT max(id) from tablename
然后再更新表的auto_increment
ALTER TABLE tablename AUTO_INCREMENT = id+1
6.太多的数据库连接
当我们的数据库连接数过多时，会造成无法连接到数据库的问题。这时，我们要先停止数据库
/usr/local/mysql/bin/mysqladmin -uUSERNAME -pPASSWORD shutdown
当数据库停止后，我们就可以根据服务器的配置情况适当的增加连接数
在一台专用的数据库服务器上，我们可以设置如下
max_connections = 200 wait_timeout = 100
最后再启动数据库。
7.InnoDB表损坏
InnoDB拥有内部恢复机制，假如数据库崩溃了，InnoDB通过从最后一个时间戳开始运行日志文件，来尝试修复数据库。大多数情况下会修复成功，而且整个过程是透明的。
假如InnoDB自行修复失败，那么数据库将不能启动。无论你怎样一次又一次的尝试启动MySQL，它都只是发出一条错误信息。这也是我们在使用 InnoDB时，需要运行master/master的原因，只有这样才能在一个master宕掉时，还有一台冗余master做后备。
在继续操作前，先浏览下MySQL的日志文件，确定数据库是因为InnoDB表的损坏而崩溃。
有一种方法是更新InnoDB的日志文件计数器以跳过引起崩溃的查询，但是经验告诉我们这不是个好方法。这种情况下，将造成数据的不一致性而且会经常使主从复制中断。
一旦确定MySQL因为InnoDB表损坏无法启动时，我们就可以按照以下5步进行修复：
1.添加如下配置到/etc/my.cnf文件中
innodb_force_recovery = 4
2.这时就可以重新启动数据库了，在innodb_force_recovery配置的作用，所有的插入与更新操作将被忽略;
3.导出所有的数据表;
4.关闭数据库并删除所有数据表文件及目录，再运行 mysql_install_db来创建MySQL默认数据表;
5.在/etc/my.cnf中删除innodb_force_recovery这一行，再启动MySQL（这时MySQL正常启动）;
6.从第3步备份的文件中恢复所有的数据。
文章翻译自：http://www.softwareprojects.com/resources/programming/t-how-to-fix-mysql-database-myisam-innodb-1634.html