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  • centos7 下安装生物信息软件的问题小总结

    1、安装samtools与bwa时:

      缺少zlib库

      下载zlib库

    cd zlib/
    CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure
    make
    make install

     然后在进入samtools 进行make

    2、安装rpm包是 依赖而不能安装!

      rpm -ivh xxx.rpm --nodeps --force

      先强制安装!

      再用rpm -qa |grep xx 查找已经安装

      ldd查找需要的

      注:1.加上 --nodeps,意思不考虑依赖
        2.更狠的--force,强制安装
        可以在这两个之前试试--aid自己解决依赖

    3、安装soapsnp是遇到缺少boost

      先配置boost

      下载boost 解压

      

    1 ./booststria.sh
    2 ./bjam -s HAVE_ICU=1
    3 ./bjam install --prefix=/usr

      第一步完后生成bjam脚本

      其中第二步大约需要半个小时!

      将当前目录下编译好的头文件安装到相应位置:在/usr/include下有头文件夹boost,在/usr/lib下有boost的库

    4、强力推荐各种tools

      如 cctools bedtools,samtools

     未完待续。。。
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