第一种：
1. 假定Windows CE.NET目标工程目录为D:\WINCE420\PUBLIC\MyWinCE，并且工程已经Build成功，假定Windows CE.NET的应用程序为MyApp.exe；
2. 将MyApp.exe复制到D:\WINCE420\PUBLIC\MyWinCE\SAMSUNG_SMDK2410_ARMV4Release目录下；
3. 修改MyWinCE工程的project.bib文件，在FILES Section添加如下内容：
MyApp.exe $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.exe NK H
4. 创建快捷方式文件MyApp.lnk，文件内容如下：
10#\Windows\MyApp.exe ；有一说法是10为#后面的字符个数
MyApp.lnk文件也放入D:\WINCE420\PUBLIC\MyWinCE\SAMSUNG_SMDK2410_ARMV4Release目录下；
5. 修改MyWinCE工程的project.bib文件，在FILES Section添加如下内容：
MyApp.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.lnk NK H
6. 修改MyWinCE工程的project.dat文件，添加如下内容：
Directory("\Windows\Startup"):-File("MyApp.lnk","\Windows\MyApp.lnk")
7. 修改MyWinCE工程的platform.bib文件，在FILES Section添加如下内容：
MyApp.exe $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.exe NK H
MyApp.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.lnk NK H
8. Platform Builder IDE：【Build】->【Make Image】（记得千万不要Build或者Rebuild）
9. 成功后，得到的NK.bin（或NK.nb0）就包含了应用程序MyApp.exe和MyApp.lnk，当把相应的内核烧入开发板MyApp程序就会在系统启动时自动运行。
虽然MyApp可以自己启动了，但每次启动的时候，总是微软的桌面先出来，再启动我们的程序，感觉还是不伦不类。对此，我们可以使用startup的快捷方式再加隐藏任务栏务方法，效果非常的好，具体操作是：
1) 首先新建工程，把你的应用程序放到内核里面去（前面介绍了如何做）；
2) 编译平台；
3) 修改shell.reg的文件：在文件中有这样一行：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00
把这个explorer.exe改成你的应用程序（比如：MyApp.exe）就可以了；
4) Platform Builder IDE：【Build】->【Make Image】（记得千万不要Build或者Rebuild）
5) 成功后，得到的NK.bin（或NK.nb0）就包含了应用程序MyApp.exe和MyApp.lnk，当把相应的内核烧入开发板MyApp程序就会在系统启动时自动运行。
第二种：
1、 将应用程序和应用程序快捷方式添加到映像里，再将快捷方式添加到StartUp目录下，这样当系统运行后应用程序就能自动运行；
2、 直接替换Wince的SHELL，即修改注册表：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00
把这个explorer.exe改成你的应用程序（比如：MyApp.exe）；
3、 把应用程序加入到映像，修改注册表：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init] Launch10 shell.exe
"Launch80"="MyApp.exe" Launch20 device.exe
"Depend80"=hex:1E,00 Launch30 gwes.exe
可以设置启动顺序和依赖程序； Launch50 explorer.exe
Launch后面的大数字越小运行的越早，Depend的值说明这个程序要依赖前面的哪些程序，一般Launch10/20/3050，如果没有相应的DependXX，则直接启动；
"Depend80"=hex:14,00,1E,00表示myapp.exe启动依赖项目为device.exe和gwes.exe.
以上方法都可行，但是都存在一个问题，就是应用程序是集成到NK里面的，也就是说每次升级应用程序都要重新编译下载内核，很麻烦，尤其在程序调试阶段，大家都希望把应用程序放在SD卡上，这样更新起来比较容易；据说通过第三种方法可以实现，即修改"Launch80"="MyApp.exe"为"Launch80"="\Storage Card\MyApp.exe"( Storage Card为SD卡目录)，但是我试了一下没有成功，因为Launch80运行时SD卡的文件驱动还没有加载，找不到MyApp.exe文件。同样，采用快捷方式加载SD卡里的应用程序也不可行。
所以我采用了另一种方法，自己编了一个小程序，比如叫ShellExe.exe，将此程序加入到映像里，通过StartUp快捷方式调用ShellExe，ShellExe再去调用SD卡里的应用程序，具体实现步骤如下：
1、 在eVC下编译如下代码：
int WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance,
HINSTANCE hPrevInstance,
LPTSTR lpCmdLine,
int nCmdShow)
{
WIN32_FIND_DATA fd;
HANDLE hd=INVALID_HANDLE_VALUE;
int iCount = 20;
while(iCount--)
{
hd=::FindFirstFile(lpCmdLine,&fd);
Sleep(500);
if(INVALID_HANDLE_VALUE!=hd) break;
}
if(0==iCount) return 0;
FindClose(hd);
SHELLEXECUTEINFO ShExeInfo={0};
ShExeInfo.cbSize=sizeof(SHELLEXECUTEINFO);
ShExeInfo.fMask=SEE_MASK_NOCLOSEPROCESS;
ShExeInfo.hwnd=NULL;
ShExeInfo.lpVerb=NULL;
ShExeInfo.lpFile=lpCmdLine;
ShExeInfo.lpParameters=L"";
ShExeInfo.lpDirectory=NULL;
ShExeInfo.nShow=SW_SHOW;
ShExeInfo.hInstApp=NULL;
ShellExecuteEx(&ShExeInfo);
return 0;
}
生成ShellExe.exe的可执行文件，此段代码主要功能是查找指定的应用程序，然后执行；下面这段代码可以保证在SD卡文件系统正确加载后才去执行应用程序；
while(iCount--)
{
hd=::FindFirstFile(lpCmdLine,&fd);
Sleep(500);
if(INVALID_HANDLE_VALUE!=hd) break;
}
文件的名称和路径由命令行参数指定：
ShExeInfo.lpFile=lpCmdLine;2、 新建一个快捷方式，如Autorun.lnk，按如下方式编辑其内容：
21#\windows\shellexe.exe \stdcard\MyApp.exe其中\stdcard\MyApp.exe应用程序的绝对路径；
3、 将ShellExe.exe和Autorun.lnk添加到NK里，方法是在project.bib文件内加入如下内容：
ShellExe.exe f:\WINCE420\PBWORKSPACES\LioetEnTer\RelDir\ShellExe.exe NK S
Autorun.lnk f:\WINCE420\PBWORKSPACES\LioetEnTer\RelDir\Autorun.lnk NK S注意：ShellExe.exe的属性不能带H（隐藏）.
4、 在project.dat里加入如下内容：
Directory("\Windows\Startup"):-File("Autorun.lnk","\Windows\Autorun.lnk")5、 选择Make Image生成映像（当然Build也可以，就是慢点儿），烧到FLASH里，开机运行，可以看到SD卡里的MyApp.exe被正确执行。
总结
这种方法用起来比较方便，ShellExe.exe不用每次都重新编译，只要根据应用程序路径修改Autorun.lnk即可，可以加载Flash、U盘、SD卡里的应用程序。调试及升级应用程序就不用重新烧写内核了。
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还一种不进CE就运行应用方法：在WInce下面添加应用程序，并且自动运行
1、复制可执行文件到BSP的file目录中，在目录中创建连接文件.lnk
创建.lnk的方法：新建.txt文件，在文件中添加21#/windows/*.exe，然后保存，重新命名为.lnk就可以了
2、在Platform.bib中添加
.exe $(_FLATRELEASEDIR)\.exe NK U
.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\.lnk NK U
3、在Platform.dat中添加：
Directory(LOC_DIRWINDOWSSTARTUP):-File(".lnk", "\windows\.lnk")
还可以修改注册表：
Windows CE启动时分别执行[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]键下所有子键列出的程序。例如：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init] "Launch20"＝"device.exe" "Launch30"＝"gwes.exe" "Depend30"＝hex：14,00
一般的按上面第二种方法将注册表中的 "Launch50"＝"explore.exe"中的explore.exe改成你自己的应用程序就可以了,这样就能够不进入CE的那个桌面,而直接进入你的应用~注意一下你的应用程序的路径就可以了!
"Launch50"＝explore.exe是在shell.reg中
也可以改为从U盘、Flash或者SD卡其的，此时"Launch50"=\\SDCard\\MyApp.exe，记得一定是用"\\".
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