1)载入VMD并设计初始化窗口
运行VMD：>VMD
2）载入PDB文件：
命令：vmd *.pdb 或者通过‘molecule file browser’点击File>New Molecule
然后选择browse并寻找*.pdb文件，选文件的类型为pdb,点击载入：
3)改变画面：
选择Graphics>Representations
首先除去水：在selected atom 中输入all not water 并且点击应用，红点消失
改变到cartoon:在Coloring Method中选择"Structure"，接下来从Drawing Method中选择Cartoon
接下来看NADH辅酶的分子在这个蛋白中。在Graphical Representations"点击Create Rep，创建了第二个Representations，点击selections tab:
双击resname并滚动value选择NAD，点击应用。反回到Draw Style Tab:在Drawing Method选择CPK。
You can temporarily turn off either of the representations by double clicking on it's name in the representation list
仅仅显示一条链：
4)载入AMBER inpcrd 和restrt文件：
除去LDAH分子：在"VMD Main" 窗口右键*.pdb文件并且选择删除。
载入AMBER文件首先载入prmtop or topology文件,inpcrd是坐标文件.
选择prmtop 文件. 在 "Determine file type"下 选择 "parm7"[vmd1.8.3] 。点击载入，之后，选择TRPcage.inpcrd 文件并点击 "rst7"[vmd1.8.3] or "Amber7 Restart"[vmd1.8.4]Make sure TRPcage.prmtop is selected in the "Load files for:
通过载入TRPcage.rst能产生一个新的框架。现选择 TRPcage.prmtop file. Select "parm7" as the type and hit load. 再寻找 TRPcage.rst file. Select "rst7" as the type and hit load。看两个个分子的差异性：
5)匹配分子和测量RMSD
两个步骤做RMSD拟合：1.匹配 除去第一个分子的固定标签，通过双击字母F在"VMD Main"。F由红变为黑。这时仅仅能旋转第二个的分子。
6）可视化AMBER轨迹
需要的文件：TRPcage.prmtop , heat1.mdcrd.gz，heat2.mdcrd.gz
>gunzip heat*.mdcrd.gz
载入：the TRPcage.prmtop file. Select parm7 and hit Load. 和heat1.mdcrd and then choose "crd" as the type and hit load
Next click browse again and find heat2.mdcrd. Load this in the same way, you don't need to reload the prmtop file. Make sure TRPcage.prmtop is selected
7）Saving a single set of coordinates
8）
9）创建movie
Start by Clicking Extensions->Visualization->Movie Maker.
在Rotation angle 输入400，Movie Settings->Trajectory. Then under Format select MPEG-1.然后点击开始。