R 保存图片

R + AI + PS 是我生成文章Figure的一般流程。注意事项最多的应该在R生成原始图的步骤。

R保存原始图

保存成pdf图时，我更倾向于使用ggsave，因为它保存的图看上去更加协调。

ggsave("figures/forestPlot.pdf",
       forestPlot(mafCompareRes = A.vs.B, pVal = 0.05, 
                  color = c('royalblue', 'maroon'), geneFontSize = 0.6,lineWidth=1.6),
       dpi = 300)

也可以直接通过pdf()函数保存，不过默认背景是透明的，但很多杂志要求背景白色，做法是

pdf("figures/MATH.pdf", bg="white")
p
dev.off()

在将ggplot2生成的图导入AI时，会提示以下信息：
缺少字体AdobePiStd。受影响的文本将使用a替换字体显示。
解决方法之一是在保存的时候添加参数useDingbats = FALSE：

ggsave("figures/forestPlot.pdf",
       forestPlot(mafCompareRes = A.vs.B, pVal = 0.05, 
                  color = c('royalblue', 'maroon'), geneFontSize = 0.6,lineWidth=1.6),
       useDingbats = FALSE, dpi = 300)

PS背景调整

如果图片的背景是透明度的，怎么处理？
打开photoshop，拖入图片。随后新建一个图层，按下快捷键Ctrl+Delete，新插入的图层编程白色。通过调整图层的顺序，就可以将背景变成白色。