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  • NCBI下载SRA数据

    从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑:

    1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径;

    2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载

    所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里:

    输入paper的title关键词NIFTY BGI

    搜索结果:

     

    选一个文件点击进去

     进去之后,再点击SRP

    然后:

    出现如下内容:

    然后选择所有SRR文件:

    下载Accession list之后得到文件列表:

    SRR354208
    SRR357358
    SRR357397
    SRR357398
    SRR357666
    SRR357667
    SRR357668
    SRR357669
    SRR357670
    SRR357671
    SRR357672
    SRR357673
    SRR357674
    SRR357675
    SRR357676
    

    然后根据这个列表在linux下载:

    [wuzengding@mn01 NIFTY_BGI_samp]$ cat /data1/Medicine/WZD/SRR_Acc_List.txt | while read line
    > do
    > echo $line
    > /home/wuzengding/biosoftware/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.8.2 ${line}
    > done
    

     下载成功!!

    注:另外一种更简单方法

    在找到这个界面时

    点击send to

     最后得到SraRunInfo.csv文件,文件内容是各个samp sequence的列表信息,包括FTP上的下载地址:

    然后在linux中下载,

    完毕!

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/zdwu/p/8473986.html
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