有以下几点
1、innodb支持事务，myisam不支持
2、innodb支持mvcc(用来增加并发性的被称为“多版本并发控制（MVCC）”的机制)，myisam不支持
3、innodb支持外键（外键必须是主表的唯一键，类型必须一样，避免使用复合键），myisam不支持
4、innodb在MySQL5.6之前不支持 FULLTEXT类型的全文索引（可以使用sphinx插件）5.6版本后支持英文全文索引，5.7版本通过ngram插件支持中文，myisam支持
5，innodb支持行级锁（只在where的主键上有效），myisam只支持表级锁
6、myisam索引方式为非聚集索引，引文件和数据文件是分离的,索引文件仅保存数据记录的地址。，innodb索引方式为聚集索引，数据文件本身就是索引文件
7、innodb表必须有主键，myisam可以没有
8、InnoDB 的辅助索引 data 域存储相应记录主键的值（所以辅助索引搜索需要检索两遍索引:首先检索辅助索引获得主键,然后用主键到主索引中检索获得记录。），myisam是地址
9、innodb使用的是聚簇索引，myisam使用的是非聚簇索引
关于第9点的说明这2个方式的区别，如下图
文字说明：
1、 InnoDB 使用的是聚簇索引, 将主键组织到一棵 B+树中, 而行数据就储存在叶子节点上, 若使用"where id = 14"这样的条件查找主键, 则按照 B+树的检索算法即可查找到对应的叶节点, 之后获得行数据。 若对 Name 列进行条件搜索, 则需要两个步骤:
第一步在辅助索引 B+树中检索 Name, 到达其叶子节点获取对应的主键。
第二步使用主键在主索引 B+树种再执行一次 B+树检索操作, 最终到达叶子节点即可获取整行数据。
2、MyISM 使用的是非聚簇索引, 非聚簇索引的两棵 B+树看上去没什么不同, 节点
的结构完全一致只是存储的内容不同而已, 主键索引 B+树的节点存储了主键, 辅助键索引B+树存储了辅助键。 表数据存储在独立的地方, 这两颗 B+树的叶子节点都使用一个地址指向真正的表数据, 对于表数据来说, 这两个键没有任何差别。 由于索引树是独立的, 通过辅助键检索无需访问主键的索引树。
MyISAM：强调的是性能，每次查询具有原子性,其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持。支持 FULLTEXT类型的全文索引。只支持表级锁。数据是以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作。可被压缩，存储空间较小。支持三种不同的存储格式：静态表(默认，但是注意数据末尾不能有空格，会被去掉)、动态表、压缩表。表主键上允许没有任何索引和主键的表存在，索引都是保存行的地址。
InnoDB：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。 具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。支持事务和行级锁，是innodb的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁，只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的。存储空间上需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。可移植性、备份及恢复上，免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump，在数据量达到几十G的时候就相对痛苦了。索引上不支持FULLTEXT类型的全文索引，但是innodb可以使用sphinx插件支持全文索引，并且效果更好。表主键上如果没有设定主键或者非空唯一索引，就会自动生成一个6字节的主键(用户不可见)，数据是主索引的一部分，附加索引保存的是主索引的值。